Собор так полно принял это учение, что, когда в 1432 г. Эгерский конвент определил основные условия переговоров между гуситами и Базельским собором, он специально отметил, что ни один канон, ни один декреталий не может быть применен с целью нарушения или признания ничтожными охранных грамот, выданных чехам для явки на собор. июня 1415 г. собор осудил защищаемое Гусом причащение мирян хлебом и вином; объявил еретиками священников, которые будут делать это, и приказал предавать их в руки светской власти; приказал всем прелатам и инквизиторам преследовать как еретиков всех, кто будет отрицать действительность причастия мирян одним только хлебом. Кроме того, Гуса обвиняли еще и в других заблуждениях и преступлениях. Всего этого было более чем достаточно для возбуждения дела по обвинению в ереси. Уже 1 декабря 1414 г. были назначены комиссары для ведения допроса; в сущности, это были инквизиторы; собор представлял собой собрание сведущих лиц, которому, как известно, надлежало утвердить приговор. Обвинение заключало в себе нечто вроде требовательного акта против Гуса, который был вручен комиссарам прокураторами и фискалами собора и в котором говорилось о беспорядках в Праге, об отлучении Гуса от Церкви и о проповедовании им ереси Уиклифа. Гусу предъявили сорок два заблуждения, извлеченных из его сочинений Стефаном Палечем. На эти обвинения он ответил письменно, указав искажения, которые извратили смысл некоторых мест, так как одни положения приводились, а другие умалчивались. Так как ему было запрещено чтение книг и ему не дали даже те трактаты, откуда были извлечены обвинительные пункты, то его ответы показывают удивительную силу его памяти, а также быстроту и ясность мысли. Иногда комиссары сами приходили к нему в тюрьму для допроса. С комиссарами являлись и помогали им Михаил и Стефан. Обвиняемому читали каждый пункт обвинения и спрашивали, таково ли его верование; отвечая, он разъяснял, какой смысл он придавал мнению, которое ставили ему в вину. Затем его спрашивали, желает ли он защищать свое толкование; он отвечал отрицательно, говоря, что подчинится решению собора. Трудно было показать себя более послушным и правоверным, но ересь была преступлением. Раз преступление это было совершено, хотя бы и по незнанию, недостаточно было вернуться к учению Церкви; надо было, чтобы обвиняемый сознал свои заблуждения и отрекся от них; только после этого на него можно было смотреть как на кающегося и заменить ему смертную казнь пожизненной тюрьмой.
На публичном заседании 8 июня он горячо отстаивал свое учение. Свидетели под присягой показали, что он учил противному. Он не имел права выставить свидетелей, которые опровергли бы это. Судьи признали его еретиком, и ему не оставалось ничего иного, как покаяться и отречься или отправиться на костер.