Последовала опустошительная война; армия папы не имела большого успеха. Вскоре в Милане образовалась партия сторонников мира, открыто задававшаяся вопросом, следует ли принести в жертву целую страну ради спасения одного человека. Маттео Послал спросить легата об его условиях; ответом было требование полного отречения. Он обратился за советом к гражданам, и все дали понять ему, что Милан ради него не намерен подвергнуться разрушению. Он отрекся от власти в пользу своего сына Галеаццо, с которым был в ссоре. Вскоре 27 июня 1322 г. Маттео умер и был похоронен в не освященной могиле.
Висконти младшие: Галеаццо, Луккино, Марко, Джованни и Стефано — быстро собрали гибеллинов. Чтобы нанести им последний удар, папа 23 декабря 1322 г. приказал миланскому архиепископу и инквизиции напасть на память Маттео. 13 января 1323 г. архиепископ и три инквизитора послали Маттео из Асти вызов явиться 25 февраля в церковь Св. Марии в Борго, близ Алессандрии, для допроса и суда лично или заочно, и 14 марта осудили Маттео.(посмертно) как мятежного и закоснелого еретика. В числе прегрешений его обвиняли в том, что он с пренебрежением смотрел на отлучение от Церкви, показывая этим свои заблуждения в вере по вопросу о власти ключей (т. е. Папы). Все земли его были объявлены подлежащими конфискации; сам он был лишен всех почестей, должностей, званий и признан заслуживающим наказания, полагающегося за ересь; он сам подлежал аресту, а дети и внуки обычному ограничению в правах.
Однако этот приговор не имел никаких политических результатов. Галеаццо в феврале 1324 г. нанес папским войскам полное поражение. 23 марта Иоанн издал буллу, осуждавшую Маттео и его пять сыновей и повторявшую большую часть преступлений, приведенных в инквизиционном приговоре. Кончается булла обещанием индульгенций, как за поход в Св. Землю, всем, кто выступит против Висконти. 12 апреля вышла другая булла, напоминавшая, что сыновья Маттео были законным образом признаны еретиками и, как таковые, осуждены компетентными судьями; несмотря на это клеймо, упомянутые еретики нашли себе поддержку против армии верных католиков у разных представителей Людовика Баварского. Этим лицам было предложено в двухмесячный срок сложить с себя обязанности и выказать повиновение, а до этого времени они, как покровители еретиков, были признаны подлежащими отлучению от Церкви и всем наказаниям, как духовным, так и светским, связанным с этим преступлением. Инквизиторы Анконской Марки осудили епископа Ареццо и других гибеллинов за то, что они служили Людовику Баварскому. Инквизитору Романии было приказано употребить все свои усилия, чтобы наказать находящихся в его области врагов Церкви. Были осуждены за ересь маркизы Монферрата, Салючий, Чева и жители почти всех городов Северной Италии.
Не один только папа пользовался обвинением в ереси, как могущественным оружием против своих политических соперников. В 1349 г. епископ Киети осудил как еретика одного из своих вассалов, начавшего против него войну и прогнавшего его с епископской кафедры.
Церковь обращала ересь в политическое орудие и находила в инквизиции орудие, готовое служить ее честолюбивым замыслам. Когда наступил Великий Раскол, то папы-соперники прибегали к этому приему друг против друга. В 1382 г. Карл III Неаполитанский конфисковал имущество епископа Тривенто под предлогом, что епископ, будучи сторонником Климента VII, тем самым стал еретиком. В акте, которым в 1409 г. Александр V назначает инквизитора Прованса, среди еретиков, которых нужно уничтожить, упоминаются сторонники Григория XII и Бенедикта XIII. Инквизитор Тулузы принадлежал к партии Бенедикта XIII; он заключил в тюрьму много доминиканцев и францисканцев, в том числе провинциала Тулузы и приора Каркассона, которые принадлежали к враждебной партии.
После Раскола инквизиция по-прежнему осталась орудием репрессий.
Джироламо Савонарола имел возвышенные и грозные проекты и мечты, которые толкнули его в политику. Он искренне верил в свое призвание для пророческой деятельности. Подобное убеждение укрепляли в нем царившие вокруг бедствия и его вера во вмешательство Бога, который совершит необходимые изменения, для человека непосильные. Когда в 1481 г. Савонарола прибыл во Флоренцию, он был уже всецело поглощен своею реформаторской миссией. Около 1490 г. он был назначен приором доминиканского монастыря Св. Марка. Слава Савонаролы-проповедника распространилась по всей Италии, а во Флоренции он пользовался верховным авторитетом. Особое внимание обращал он на детей; они были неоценимы для его задачи проведения нравственной реформы, которую он предпринял в этом развращенном городе, преданном позорным удовольствиям. «Питомцы Брата», мальчики-подростки, врывались в трактиры и игорные дома, прерывали оргии и игры в кости и карты; ни одна женщина не осмеливалась показываться на улице иначе, как прилично и скромно (по их мнению) одетая. Сопротивление им легко могло стоить жизни.
Савонарола