Один экземпляр этого письма случайно попал в руки миланского герцога — врага Савонаролы, который переслал его папе. Гнев Александра привел к попытке созвать собор, которого после соборов Констанца и Базеля всегда желали реформаторы и боялось папство. Савонарола совершенно один не мог заставить князей созвать собор, но он направил свой удар в самое чувствительное место папства, и завязалась беспощадная борьба.
Так как брат Савонарола был осужден на молчание, его заменил Доминик да Пешиа. Доминик 27 или 28 марта велел прибить на главных дверях церкви Св. Креста объявление, что он предлагает подтвердить доказательствами или чудом следующие положение: 1) Церковь Господня нуждается в реформе; 2) Церковь должна понести наказание; 3) Церковь будет реформирована; 4) после наказания во Флоренции будут произведены реформы, и она будет благоденствовать; 5) неверные будут обращены; 6) отлучение брата Джироламо не имеет значения; 7) не грешно не обращать внимания на отлучение. Францисканец брат Франческо делла Пулья ответил, что согласен пройти через огонь вместе с братом Домиником; хотя он был уверен, что сгорит, но соглашался на эту жертву, чтобы освободить флорентийцев от их ложного идола. Чтобы помешать кровавой распре партий, синьория вызвала обоих противников и заставила их 30 марта подписать письменное обязательство подвергнуться испытанию, несмотря на то, что Латеранский собор 1215 г. запретил ордалии.
Брат Франческо объявил, что у него нет никакого спора с Домиником, что если Савонарола согласен подвергнуться испытанию, то он готов сопровождать его, но если вопрос идет о ком-либо другом, то он выставит заместителя; им согласился стать знатный флорентиец, монах его ордена. С другой стороны, все монахи монастыря Св. Марка, числом около трехсот, подписались под обязательством принять участие в ордалии, а Савонарола заявил, что в данном случае первый встречный может рискнуть, ничего не боясь.
В условиях, предложенных синьорией, говорилось, что если представитель доминиканцев погибнет один или вместе со своим противником, то Савонарола должен покинуть город, пока его не призовут обратно; если падет один только францисканец, то брат Франческо подвергнется изгнанию; то же наказание было определено той из двух партий, которая в последнюю минуту уклонится от ордалии.
Синьория направила десять граждан председательствовать на испытании, назначенном на 6 апреля, а затем отложенном на один день в надежде, что от папы, к которому обратились за разрешением, будет получен запрет; он действительно пришел, но слишком поздно. 7 апреля на площади Синьории воздвигли огромный костер, который должны были поджечь после того, как в него войдут противники.
Францисканцы прибыли первыми на место испытания. Затем явились около двухсот доминиканцев. Стороны опасались колдовства и требовали выполнения разных условий. В это время синьория объявила, что ордалии не будет, францисканцы удалились, а за ними и доминиканцы. Толпа, терпеливо ожидавшая под проливным дождем и грозой, пришла в ярость, что обещанное зрелище не состоялось. Жители увидели в этом торжество францисканцев; но Савонарола обещал чудо; его сторонники непреклонно верили в его предсказание, так что это нерешенное испытание было в их глазах поражением; это было знамение, что Савонарола не мог рассчитывать на вмешательство Бога. Вера учеников в их пророка поколебалась. На другой день, в Вербное Воскресенье, во время вечерни доминиканец хотел произнести проповедь в кафедральном соборе, но Компаньацци прервали проповедника. Все бросились к Св. Марку. Когда прибыла толпа из собора, то молящиеся с трудом спаслись монастырскими переходами. Дома, принадлежавшие сторонникам Савонаролы, были разграблены и сожжены.
Среди этого волнения синьория выпустила одно за другим четыре объявления; в них приказывалось Савонароле до истечения двадцати часов покинуть флорентийскую область, а всем мирянам не позже чем через час очистить церковь Св. Марка, которая подверглась осаде противников Савонаролы. Наконец, синьория послала стражу схватить Савонаролу и его главных соратников, Доминика и Сальвестро, с обещанием, что им не будет сделано ничего плохого. Сопротивление прекратилось; Савонарола и Доминик были найдены в монастырской библиотеке, но Сальвестро спрятался и был арестован только на другой день. Пленникам надели цепи на руки и на ноги и повели по улицам, их не могли защитить от ударов ногами и кулаками разъяренной толпы.