Удаление Иоанна Пармского было победой для конвентуалов. Новый генерал весьма решительно отрицал, что Христос и апостолы имели какую-либо собственность, и отожествлял бедность с совершенством. Бонавентура был проникнут мистицизмом. Его «Тайны теологии» представляют живую противоположность сухому схоластическому богословию эпохи, представителем которой был Фома Аквинский. Душа является пред лицом Бога; она в своих ночных бдениях должна раскаяться в прегрешениях и собственными силами стремиться к Богу; она не должна просить у другого ни помощи, ни руководства; рассчитывая только на себя самого, она должна подняться до видения Божества. Путем очищения она восходит на путь Просвещения и подготовляется получить Божеское Сияние. В конце концов она достигнет третьего пути, который ведет к соединению с Богом и к соучастию в божественной мудрости… Подобные учения сильно возбуждали мистическое направление спиритуалов.
Борьба, которую вызывал внутри ордена вопрос о собственности и бедности, усилилась; постоянно возникали дела, показывавшие невозможность примирить установленные св. Франциском обеты с обязанностями ордена, ставшего одним из видных факторов богатой и мирской Церкви; конфликт неизбежно должен был вызвать раскол. Конвентуалы постарались воспользоваться своей победой над Иоанном Пармским. Они заставили папу Александра 20 февраля 1257 г. повторить разъяснение Иннокентия IV, которым он разрешил ордену иметь деньги и собственность от имени Св. Престола. Все это возмущало партию пуритан. После провозглашения, что устав св. Франциска был откровением свыше, равным по своему значению Евангелию, имели право сомневаться, может ли нарушать его даже сам преемник св. Петра. Около середины XIII в. Бертольд Ратисбонский, самый знаменитый францисканский проповедник той эпохи, в проповеди перед братьями заявил, что обеты бедности, повиновения и целомудрия настолько обязательны, что даже сам папа не может смягчать или изменять их. Около 1290 г. доминиканский провинциал Германии ссылается на них в своей энциклике как на непреложную истину. Менее чем через двадцать пять лет подобные заявления считались ересью и наказывались костром.
Бонавентура на капитуле в Париже утверждал, что он согласился бы быть истертым в порошок, если бы никогда не думал привести орден в тот вид, который хотел придать ему святой Франциск. 23 апреля 1257 г. он разослал провинциалам энциклику, обращая внимание на пороки братьев и на то презрение, которое вызывали они ко всему ордену.
Но разногласие по вопросу о нищете разделяло орден. Напрасно около 1275 г. обращались к Григорию X, и тщетно папа приказывал строгое соблюдение предписаний устава, запрещавших обладание личным или общим имуществом. Мирская партия продолжала настаивать на невозможности примирять строгое соблюдение этих правил с требованиями человеческой природы, говоря, что это значит испытывать Бога. Ссора разгоралась все больше. В 1379 г. Николай III решил положить ей конец формальным разъяснением. По словам папской буллы «Словно посевы тянутся к небесам», францисканский устав был внушен Св. Духом и передан миру св. Франциском. Отречение от всякой собственности, как общей, так и личной, похвально и свято. Это полное отречение подобно тому, которое делали Христос и его апостолы и которое они заповедали своим ученикам. Оно не только похвально и совершенно, но законно и возможно, так как надо различать пользование, которое разрешено, от обладания, которое запрещено. Папа присвоил римской Церкви и ее первосвященнику обладание всем, чем пользуются францисканцы. Необходимо заставить с уважением относиться к правилу, запрещающему получать или иметь деньги. Особенно запрещались займы; однако в случае настоятельной нужды можно было производить займы при Посредстве третьих лиц (терциариев); но братья должны воздерживаться иметь деньги, определять их назначение или тратить их. Имущества по духовным завещаниям не нужно прямо назначать монахам, но только предоставлять им в пользование. Мельчайшие решения определяли обмен и продажу книг и разных предметов. Кончалась булла приказаниями, чтобы это папское решение читалось и изучалось в школах; но было запрещено всем под страхом отлучения от Церкви, влекшего за собой потерю должностей или бенефиций, прибавлять что бы то ни было к тексту. Никто не должен был позволять себе толкований, примечаний, спора или опровержения. Всякие сомнения и вопросы должны предъявляться прямо Св. Престолу. Всякий, кто станет оспаривать или комментировать францисканский устав или предписания буллы, будет подлежать отлучению от Церкви, снять которое только во власти папы.