Прибывший из Прованса брат Матвей де Бодиси, принесший с собой книги Пьера Жана Оливи, был в церкви св. Петра Римского избран папой пятью спиритуалами и тринадцатью женщинами. Бонифаций немедленно приказал инквизиции начать преследование этих людей; но они бежали в Сицилию, где образовалась главная квартира секты.
Еще до отречения Целестина францисканские власти попытались захватить нашедших покровительство у самого папы спиритуалов. Ревностные спиритуалы бежали из Италии и обосновались на пустынном острове около берегов Ахайи. Тотчас же были посланы вельможам и епископам грамоты, в которых спиритуалы обвинялись в катаризме. В то же время дали знать Бонифацию, что эти люди не признают его папой и думают, что они одни только представляют истинную Церковь. В 1299 г. Бонифаций поручил константинопольскому патриарху Петру судить спиритуалов, которые были осуждены, не будучи выслушаны. Карл II Неаполитанский, сюзерен Морей, получил приказ изгнать их. Однако местные власти признали обвинения ложными. Но это не освободило их от надзора. Одним из главных обвинителей их был человек, который привез им книги Оливи и которого они были вынуждены изгнать за безнравственное поведение. С этого времени он сделался их обвинителем и был вознагражден за это епископией.
Маленькая община была вынуждена уступить сильному давлению. Сначала Либерато послал двух братьев подать жалобу Бонифацию, потом еще двух; но все они были арестованы и не могли дойти до папы. Тогда Либерато сам отправился тайно и добрался до Перузы, но внезапная смерть Бонифация 11 октября 1303 г. разрушила все планы. Другие спиритуалы вернулись в разное время до 1305 г. Вернувшихся вызвал инквизитор доминиканец Томмасо ди Аверса; они явились. После допроса, тянувшегося несколько дней, Томмасо признал их верными католиками и отпустил, сказав публично: «Ваши братья выпили бы вашу кровь, если бы это было возможно!» Он даже позаботился, чтобы спиритуалов проводили до их скитов. Затем, видя ярость конвентуалов, он дал спиритуалам совет покинуть ночью Неаполь и потаенными дорогами дойти до самого папы. Если бы они могли принести грамоты от папы или от какого-нибудь кардинала, то он сам бы защищал их, пока будет инквизитором. И в тот же день Либерато вышел из Неаполя, по дороге он захворал и умер после двухлетней тяжкой болезни. За это время действия неразрешенных нищенствующих вызвали в Ломбардии общую ненависть к этим братствам. Конвентуалы воспользовались этим и уговорили брата Томмасо вызвать к себе на суд всех, кто носил, не имея на то права, монашескую одежду. Снова сорок два спиритуала были вызваны на суд и осуждены как еретики после продолжительных пыток. Два более молодых брата взвели обвинения на самих себя и обвинили своих товарищей; но лишь только их освободили, они отреклись от своих показаний. Многие умерли. Томмасо приказал подвергнуть оставшихся в живых бичеванию на улицах Неаполя; затем изгнал их из королевства, хотя в своем приговоре не привел против них никакого специального обвинения в ереси.
Среди всех этих испытаний твердость никогда не покидала маленькой группы. После смерти Либерато они избрали себе начальником Анджело и образовали в Анконской Марке конгрегацию так называемых «Блестящих», имевших своим покровителем кардинала Наполеона Орсини. Эти люди не одни боролись против нарушения устава. Спиратуалы были многочисленны в самом ордене; но политика Бонифация требовала помощи конвентуалам в их усилиях держать в послушании партию ригористов (сторонников непреклонного соблюдения устава св. Франциска). Среди этих спиритуалов был автор известного католического гимна «Стабат матер» Джакопоне да Тоди. В 1298 г. после взятия Палестрины Бонифаций заключил его в тюрьму. Только Бенедикт XI в декабре 1303 г. освободил Джакопоне из тюрьмы и снял с него отлучение от Церкви.
В 1302 г. на капитуле в Генуе генерал Джованни ди Мурро издал «наставление», в котором отмечал, что орден отказался от святой нищеты. Однако, осуждая собственность, он не выступал против пользования и осуждал учение, по которому обет нищеты мешал пользоваться земными благами. Его влияние на Бонифация было одной из причин преследования спиритуалов, которые упорно отвергали все попытки примирения.