Улавливая данные мистические настроения народа, Джинна сосредоточил свои усилия на создании Пакистана, сделав это требование основным и необсуждаемым, не настаивая на реализации принципов коммунализма во всей остальной Индии. Он намеренно избегал конкретики и спустя несколько лет потребовал, чтобы в состав Пакистана вошла не только северо-западная, но и северо-восточная часть Индии. Теперь речь шла о территориях, где мусульмане не составляли большинства, и было понятно, что если немусульмане будут иметь равное с мусульманами право голоса, исламские коммуналисты не смогут прийти к власти. Выдвигая нереальные требования и используя расплывчатые формулировки, Джинна и его сторонники стремились затянуть переговоры и отсрочить подписание соглашения, к которому были готовы англичане, и тем самым оттянуть предоставление независимости. Однако остановить этот процесс уже было невозможно. Затянувшаяся дискуссия по вопросам голосования на основе принципов коммунализма и многочисленные лишения военных лет резко обострили отношения между мусульманами и индуистами, которые балансировали на грани открытого насилия. Мусульмане мечтали о создании Пакистана, и если бы это требование было отклонено, в стране началась бы гражданская война. Независимо от их первоначальных намерений ситуация зашла так далеко, что англичанам, вне зависимости от того, желали они этого или нет, пришлось разделить Индию и покинуть ее.
Британское правительство приняло компромиссное решение: в состав Пакистана вошли не шесть больших провинций, а только те административные округа, в которых мусульмане составляли большинство населения. Таким образом, в новом исламском государстве мусульмане составляли 70 %, абсолютное большинство, хотя это и составляло всего три пятых мусульманского населения Индии. В августе 1947 года были окончательно определены границы, поделившие примерно пополам Бенгалию и Пенджаб, и вся политическая власть перешла в руки новых правительств Индии и Пакистана. В результате, ко всеобщему удивлению, сдерживаемая ярость, недоверие и накопленные страхи с обеих сторон вылились в самые большие этнические погромы в истории.
Насилие и жестокость царили повсеместно, но только в Пенджабе они привели к кардинальному изменению этнического состава территории. Здесь проживали мусульмане, индусы и сикхи. В западной части, которая отошла к Пакистану, большинство населения составляли мусульмане, в восточных районах — в основном сикхи и индусы, в центральной части, поделенной между Индией и Пакистаном, процентное соотношение мусульман и индусов было приблизительно одинаковым. Когда было объявлено о разделении и создании двух государств, вся Индия, и особенно Пенджаб, наполнились слухами. Мусульмане понимали, что для кастового сознания индуистов на волне национального возрождения они являются нечестивыми пришельцами. Мусульманская Лига сознательно разжигала эти настроения и внушала мусульманам, что независимость станет предлогом для установления индуистской тирании. Даже когда было объявлено о создании Пакистана, многие опасались, что после ухода англичан намного более крупная Индия попытается вернуть себе утраченные провинции. Индуисты и сикхи толковали поведение мусульман как попытки подавить все немусульманские элементы в Пакистане и использовать его как базу для захвата всей Северной Индии и восстановления там мусульманского правления (большинство служащих в индийской армии составляли мусульмане). Обе стороны не знали, как далеко может зайти вражда, и готовились к самому худшему.
Казалось, самые худшие ожидания оправдались. Старые обиды и новые подозрения вызвали массовые беспорядки еще до фактического разделения территорий. Когда уже в процессе передачи установилось безвластие и линии связи были нарушены, весь Пенджаб захлестнула волна слухов о вырезанных деревнях и массовых погромах в городах. По обе стороны от новой границы возмездие меньшинству было незамедлительным. Насилие, подогреваемое страхом вторжения противной стороны, нарастало, и людям казалось, что истребление меньшинства помешает ему стать пятой колонной захватчиков. Члены меньшинств устремились к спасительной границе, но их настигали и убивали. Прибывающие в Дели и Лахор поезда были заполнены трупами: обезумевшие люди нападали на составы и вырезали всех пассажиров до пересечения границы. На вокзале в Дели тех, кто пытался бежать в Пакистан, превратили в груду трупов. Когда одного сикха, занесшего меч над старой мусульманкой, спросили, зачем он это делает, он ответил: «Я не знаю, но я должен», — и раскроил ее череп.