Значительный социальный сдвиг, совершившийся в Испании в XVIII в., надломивший старую, традиционную политику испанского папистского духовенства, не мог не быть предметом продолжительных бесед Льоренте с тем иностранцем, который на многое открыл ему глаза и который в качестве рационалиста, естественно, поддерживал новое течение внутри испанской Церкви, всячески борясь с ультрамонтанскими тенденциями огромного большинства авторитетных представителей Церкви в Испании. В разгаре борьбы внутри самой Церкви каждый обмен мнений между Льоренте и рационалистом, каждая новая прочитанная антипапистская книга, философское произведение, политический трактат и публицистический памфлет находили отклик в душе Льоренте, будили его мысль, тревожили его и все дальше отталкивали от старого, папистского пути. В 1785 г. Льоренте, показав, что ни прадед, ни дед, ни отец его не привлекались к суду никаким инквизиционным трибуналом и никем не были заподозрены ни в какой ереси, засвидетельствовав чистоту своей крови и доказав, что в его жилах нет ни одной капли еврейской и арабской крови, получил должность комиссара инквизиционного трибунала в Логроньо. Кровавая хроника этого трибунала свидетельствует о значительном падении числа жертв в годы службы Льоренте в Логроньо (1785 - 1789) и об отсутствии смертных приговоров за этот короткий промежуток времени. Начавшаяся во Франции буржуазная революция вызвала на первых порах замешательство даже среди руководителей инквизиции, и главный инквизитор Рубин де Севальос в поисках нового человека, способного взять на себя ответственность за те или иные действия инквизиционных трибуналов, назначил Льоренте главным секретарем инквизиции. Льоренте все больше укреплялся в своей позиции практического смягчения инквизиционных приговоров и считал, что необходимо реорганизовать инквизицию, тем более что и министр Флорида-Бланка, авторитет которого в глазах Льоренте стоял очень высоко, склонился к мнению, что "дикому фанатизму не должно быть места в просвещенный век" и что можно крепко держать в руках руль государства без помощи ненавистного всей стране учреждения. Однако Флорида-Бланка вскоре должен был подать в отставку, и почти одновременно с ним ушел и генеральный секретарь инквизиции, пробыв на этом посту менее двух лет. Льоренте оказался в опале как заподозренный в снисходительности к религиозным преступникам и даже в скрытом сочувствии просветительным идеям, которыми он будто заразился от престарелого Флорида-Бланки.