Сохранился список лиц, на которых поступили доносы в различные испанские инквизиционные трибуналы в 1780—1820 годы. Он включает свыше 5000 имен, и из него следует, что в это время иудеи, протестанты и мусульмане уже не интересовали инквизицию. Теперь она сосредоточилась на преследовании тех, кто произносил вредные речи или писал опасные сочинения, причем преследования эти чаще носили политический, нежели религиозный характер. Инквизиция мало-помалу посвящала себя новому служению, ибо поняла, что в век Просвещения вероисповедные эдикты, подстрекавшие к доносу, и эдикты о милости, служившие ловушкой для простодушных людей, должны быть отставлены. В 1784 году Супрема опрашивает трибуналы, прибегают ли они к ежегодным эдиктам, некогда столь обязательным, и при этом — независимо от ответов — воздерживается от оценки их действий. Не менее редким явлением, чем эдикты, становятся публичные наказания. Впрочем, как ни приспосабливалась инквизиция к новым условиям жизни, дух ее по-прежнему оставался строго консервативным, и она из последних сил сопротивлялась попыткам реформировать ее изнутри. Стоило великому инквизитору Мануэлу Абад-и-Ласьерре только попытаться ввести в инквизиционное судопроизводство принципы, уже восторжествовавшие в гражданских и уголовных процессах, как его вынудили уйти в 1794 году в отставку, и он окончил свои дни в бенедиктинском монастыре, а его секретарь X. Льоренте подвергся преследованиям.
Вслед за этим последовал некоторый всплеск активности инквизиции. Отчасти это было связано с тем, что она получила мощную поддержку от вернувшихся в 1798 году в Испанию после изгнания иезуитов. В это время было возбуждено несколько дел против лиц, занимающих видное общественное положение. Как правило, их обвиняли в сочувствии идеям нидерландского епископа Янсения. У иезуитов были свои счеты с янсенизмом — в свое время они опасались, как бы янсенисты не отбили у них педагогической и исповедальной практики, и поэтому приложили руку к тому, чтобы это учение было признано еретическим, а позже делали все, чтобы добить врага. Их стараниями в янсенизме были обвинены графиня Мантихо, епископы Саламанки, Куэнки и Мурсии, мадридские каноники Родригальварес и Посадас. Однако налагаемые инквизицией наказания не носили прежнего сурового характера; жестокие приговоры произносились очень редко, а сожжение как живых людей, так и их изображений прекратилось еще в середине 80-х годов XVIII века. Чувство самосохранения заставляло инквизицию считаться с общественным мнением, которое крайне негативно стало воспринимать строгие наказания по обвинениям в политических преступлениях и религиозной ереси.
Это же чувство способствовало тому, что инквизиция сделалась готовой в любой момент принять сторону сильного. Показательно, что, когда Испания, по сути, оказалась во власти Наполеона, инквизиция одобряла все его действия и вносила свой вклад в подавление народного недовольства. 2 мая 1808 года в Мадриде вспыхнуло восстание против вошедших в город французских войск, которым командовал маршал Мюрат. Оно было жестоко подавлено: в течение нескольких часов были убиты 185 человек. Супрема отреагировала на эти события, заявив, что «чернь произвела скандальный бунт... против офицеров и солдат дружественной нации, которые никого не обижали и до сих пор давали прекрасные доказательства порядка и дисциплины». При этом она призвала инквизиционные трибуналы взять на себя обязанность всячески помогать установлению в стране спокойствия и порядка, то есть всеми средствами помогать оккупантам. Старший член Супремы Раймундо Этенард-и-Салинас (место великого инквизитора было в 1808—1814 годах вакантно) явился в Байонну, где его милостиво принял старший брат Наполеона — Жозеф, который через несколько дней под именем Иосифа I Наполеона стал испанским королем. Жозеф явно давал понять, что рассчитывает на поддержку инквизиции в своем правлении. Наполеон также заигрывал с инквизицией; во всяком случае, он не хотел превратить ее в противницу. Этим объясняется, что в выработанном Наполеоном проекте конституции для Испании католическая религия была объявлена государственной религией; инквизиция в нем не упоминалась, но при этом должна была сохранить свои старые привилегии, сделавшись, однако, учреждением, которое полностью подчинено государству. В том, что все отныне будет именно так, а не иначе, инквизиция имела случай убедиться еще до торжественного вступления в Мадрид Иосифа, которое состоялось 20 июля 1808 года. Ей вздумалось преследовать аббата Марчену, бежавшего в начале Великой французской революции во Францию и вернувшегося в качестве секретаря Мюрата. Но едва он был арестован инквизиционным трибуналом, как Мюрат отдал приказ освободить его силой, и Супреме пришлось с этим смириться.