Новохристианам запрещалось жить в испанских колониях. Поэтому Перу, которое было завоевано Испанией в 1524 году, не знало маранов до 1580 года, когда к испанской короне была присоединена Португалия и многие португальцы, которых инквизиция считала иудействующими, предпочли перебраться за океан. Не всех это, однако, уберегло от беды. Уже 17 декабря 1595 года на аутодафе в Лиме были казнены четверо — Хорхе Нуньес, Франсиско Родригес, Хуан Фернандес и Педро Контрерас; все они перед этим не раз подвергались пыткам. 10 декабря 1600 года там же сожгли живьем двоих, а 13 марта 1605 года — троих; кроме того, десятки людей были приговорены к конфискации имущества и другим наказаниям. На аутодафе 1 июня 1608 года одному иудействующему — его звали Доминго Лопес — выпало редкое счастье: он был оправдан — вероятно, потому что на него распространялось всепрощение, купленное в 1604 году португальскими маранами и только к этому времени ставшее известным в колониях. После этого наступило затишье, и лишь 21 декабря 1625 года было устроено новое аутодафе, на котором троих сожгли заживо, одного
Заслуживает внимания история, происшедшая в это десятилетие с Хуаном Лойолой — родственником Игнатия Лойолы, основателя иезуитского ордена. Хуан, занимавший в Лиме высокое положение, в 1743 году был арестован по доносу негра-раба. Трибунал после долгих проволочек установил, что донос стал результатом заговора, составленного рабами, однако, даже арестовав четырех лжесвидетелей, продолжал держать Лойолу в заточении, где тот и умер 27 декабря 1745 года. Семья узнала о его смерти только на аутодафе 19 октября 1749 года, когда лжесвидетели были наказаны, и потребовала, чтобы ему были оказаны посмертные почести как истинному католику. Трибунал на это согласился, и изображение Хуана Лойолы с большой торжественностью под звуки музыки провезли по улицам на белой лошади. Супрема нашла подобный способ искупления ошибки инквизиторов совершенно излишним и сделала трибуналу выговор, прося впредь не выходить за пределы обычных процедур.
В 1646 году, когда Португалия вновь обрела независимость от Испании, перуанский вице-король маркиз Мансера по требованию инквизиционного трибунала приказал изгнать из Перу всех португальцев, число которых достигало 6000 человек. Но португальцы откупились, и Мансера разрешил им остаться в Перу (позже это поставили ему в вину). Быть может, эти деньги способствовали тому, что маранов, вышедших из Португалии, вообще перестали преследовать: по крайней мере в течение следующих двадцати лет никто из них не пострадал. И лишь в 1666 году был приговорен к отречению от иудейской ереси Леон Сиснерос, которого уличили в том, что он не покупал рыбы без чешуи и в субботу не посылал своих детей в школу. В дальнейшем случаи преследования иудействующих отмечаются в Перу все реже, а в XVIII веке и вовсе выходят из практики.
Любопытно, что не только родственник Игнатия Лойолы, но и он сам испытал гонения инквизиции. Когда слава о его проповедях распространилась по Испании, инквизиция, как это часто бывало в отношении проповедников, распорядилась навести о нем справки. Вскоре с одной женщиной во время речи Лойолы произошел припадок, и этого оказалось достаточно, чтобы обвинить Лойолу в иллюминатстве; в 1527 году он был заключен в тюрьму, где провел полтора месяца. Согласно приговору трибунала, отныне ему разрешалось проповедовать лишь по особому позволению епископа. Это заставило Лойолу покинуть Испанию и переехать в Париж.