После этого инквизитор Хуглар бесследно пропал — поговаривали, что его отравили мараны. Но не это стало причиной того, что аутодафе прекратились. В Сарагосе, как и в Валенсии, подняли голову противники инквизиции, причем среди них были не только новообращенные, но и «настоящие» христиане, которых возмущало тайное ведение следствия и конфискация недвижимого имущества: то и другое противоречило местным традициям. Глава высшего суда Арагона Тристав де ла Порта заявил, что инквизиция нарушает права народа.
К Фердинанду была направлена депутация, чтобы просить его прекратить действие в Арагоне инквизиционного трибунала. Фердинанд принял депутацию крайне холодно, заявив, что сам он является простым орудием церкви и всего лишь проводит в жизнь канонические правила. Когда же депутация стала просить, чтобы инквизиция осталась в том виде, в каком была в Арагоне с давних пор, и не нарушала фуэро, Фердинанд ответил, что никто не думает о нарушении фуэро; речь, наоборот, идет об их упрочении. Если бы прежние инквизиторы действовали согласно каноническим законам и своей совести, то не было бы нужды вводить новую инквизицию. Беда заключается в том, что прежние инквизиторы были продажны. А если в Арагоне так мало еретиков, как это утверждает депутация, то, значит, там некому бояться инквизиции.
Между тем во втором по величине городе Арагона Теруэле дело шло к народным волнениям. Сюда одновременно с организацией инквизиционного трибунала в Сарагосе были отправлены инквизиторы Коливера и Наварра для устройства такого же трибунала. Муниципалитет отказался впустить их в город, и они, удалившись в близлежащую деревню Селья, выпустили манифест, которым отлучили от церкви членов муниципалитета, а городу угрожали интердиктом. Тогда теруэльцы обратились напрямую в Рим, и папа — что не удивляет, если иметь в виду его трения с испанской короной, — прислал двух священников, уполномочив их снять как отлучение, так и интердикт, если он будет наложен. Возмущенный Фердинанд отдал приказ архиепископу Сарагосы этих священников арестовать и доставить в цепях в королевский суд. Распоряжение это, однако, ввиду настроения жителей Теруэля осталось на бумаге. Не желая обострять ситуацию, город отправил к Фердинанду депутацию. Но в ответ на просьбу отменить введение инквизиции в Теруэле депутаты услышали приказ беспрекословно повиноваться распоряжениям инквизиции; в противном случае горожанам были обещаны наказания столь тяжкие, что они навеки останутся устрашающим примером для нежелающих покориться. Отдан был также приказ губернатору Арагона отправиться в Теруэль и принять присягу у всех городских деятелей в готовности служить инквизиции; отказ сделать это должен был расцениваться как нарушение воли короля. Члены депутации Хуан де ла Мата и Мисер Хаиме Море были оставлены в Мадриде в качестве заложников; впрочем, им удалось тайком бежать, и лишь через шесть месяцев, к неописуемой радости Фердинанда, один из них, Хуан де ла Мата, был пойман.
Добиться присяги от членов теруэльского муниципалитета не удалось, и 2 октября 1484 года инквизиторы отдали приказ, которым все находящиеся на службе в Теруэле лица были признаны негодными к занятию государственных должностей; им была прекращена выдача жалованья. Одновременно инквизиторы обратились к Фердинанду с просьбой предоставить в их распоряжение светскую власть в городе. 5 февраля 1485 года король издал указ, согласно которому все чиновные лица Арагона, равно как все дворянство, вместе с находящимися в их распоряжении солдатами поступали в распоряжение инквизиции, дабы та могла арестовать виновных жителей Теруэля и конфисковать их имущество. Одновременно Фердинанд распорядился, чтобы войска из Куэнки и других кастильских городов вступили в пределы Арагона и начали там войну против врагов инквизиции. Мы не знаем, отправилось ли крестоносное войско из Кастилии в Арагон; известно лишь, что теруэльцы после этого наконец сдались. 15 апреля 1485 года Фердинанд назначил губернатором покорившегося города Хуана Гарсеса де Марсилью, предоставив ему диктаторские полномочия. Фактически город всецело оказался в руках инквизиторов, так как Марсилья слепо исполнял все их приказания.
Инквизиционная касса обогатилась громадными суммами: по малейшему подозрению налагались большие денежные штрафы на тех, кто в период бунта сочувствовал противникам инквизиции; немало людей вовсе лишились имущества только потому, что они считались неблагонадежными. Во время беспорядков в Теруэле близлежащие местности, в частности Селья, давали теруэльским инквизиторам взаймы значительные суммы, которые те обязались выплатить из конфискованных у бунтовщиков средств; этим объясняется, почему жители теруэльского округа были на стороне инквизиции.