В ведение барселонского инквизиционного трибунала входили диоцезы Таррагоны, Вича, Героны, Лериды, Урхе-ля и Эльны, и повсюду, в особенности в Лериде, где сопротивление инквизиции было очень сильным, инквизиторы действовали с большим усердием. Всего при Торквемаде, то есть в 1485—1498 годах, барселонская инквизиция устроила 31 аутодафе, на которых сожгли заживо 23 человека, 15 мертвых тел и 430 беглецов
Наименьшее сопротивление инквизиция встретила в Кастилии, где мараны, прибравшие к рукам власть, были одинаково ненавистны как грандам, так и народным массам. Возникло лишь незначительное брожение в Севилье и Толедо; остальные кастильские города отнеслись к появлению инквизиторов равнодушно. Толедская инквизиция с 1485 по 1501 год — по неполным, судя по всему, данным — осудила на смертную казнь 297 человек, сожгла
Весьма энергичной была деятельность севильского трибунала, который, если верить подсчетам секретаря инквизиции Суриты, к 1520 году отправил на костер более 4000 еретиков и осудил на различные наказания свыше 30000 человек, не считая тех, кто сумел бежать.
Если же говорить обо всех жертвах новой инквизиции в начальный период ее существования, то здесь стоит обратиться к подсчетам испанского историка инквизиции X. Льоренте.
Такое усердие со стороны инквизиции вызвало панику среди маранов, и неудивительно, что они и вообще все подозрительные в религиозном смысле массами побежали из Испании. Казалось бы, инквизиция, задававшаяся целью освободить страну от еретической заразы, могла лишь приветствовать бегство еретиков, сокращающее ей работу. Но она поступала совершенно иначе: многократно издавались эдикты, запрещавшие оставлять Испанию всем, в чьих жилах текла еврейская кровь, а перевозившие их подвергались штрафу в 500 флоринов. 8 ноября 1499 года архиепископ Мессины Мартин опубликовал приказ, одобренный в 1502 году великим инквизитором, в силу которого ни один капитан или купец не имел права без особого на то разрешения переправлять за море новохристиан, будь они еврейского или маврского происхождения; нарушитель подвергался конфискации имущества и отлучению от церкви. В портовые города были отправлены специальные люди, дабы препятствовать новохристианам покидать Испанию. Таким образом, новохристиане были заперты внутри страны. Не следует, однако, думать, что это было бессмысленной жестокостью со стороны инквизиции. Ересь в глазах инквизиторов была таким же преступлением, каким является для нас самое тяжкое уголовное деяние, и как в настоящее время уголовный преступник безнаказанно не выпускается за границу и преследуется далеко за пределами той страны, где им совершено преступление, точно так же инквизиция стремилась наказать еретиков и навсегда лишить их возможности грешить.
Беспристрастие историка требует сказать, что Фердинанд иногда смягчал акты инквизиции и исправлял то, что находилось в явном противоречии с требованиями элементарной справедливости. При назначении нового инквизитора король обычно призывал его исполнять свои обязанности, как того требует совесть, — честно, умеренно, не прибегая к излишней суровости и не проявляя чрезмерной жестокости; то же писал он и приемщикам конфискуемых у еретиков имуществ. В год смерти Торквемады валенсийские инквизиторы, узнав, что в Серре несколько христианских женщин оделись в мавританские одежды, явились туда, чтобы арестовать виновных, однако найти их не сумели, так как местные мавры всячески этому препятствовали. Тогда инквизиторы решили арестовать всех мавров. Фердинанд счел это неправильным и написал великому инквизитору, чтобы он позаботился о нахождении такого метода наказания, при котором невинные не отвечали бы за преступления виновных земляков. 15 августа 1500 года Фердинанд написал инквизиторам Сарагосы об эдикте, изданном ими в Калатаюде, что, если его провести в жизнь, то в живых не останется ни один человек. Посему он счел важным напомнить им, что инквизиция существует для спасения души, а не для наказания. 5 марта 1501 года Фердинанд упрекнул барселонскую инквизицию за то, что она наложила интердикт на город Перпиньян, поспоривший с ней в связи с уплатой арендных денег. Примеры такого рода можно продолжать долго.