На первых порах Боливар и Сантандер действовали дружно. Однако постепенно существовавшие между ними противоречия все более давали о себе знать. Государственные деятели не сходились в главном: если «узкий националист» Сантандер, заботившийся лишь о Великой Колумбии, был противником объединения латиноамериканских республик, то Боливар считал, что такое объединение не только укрепило бы независимость молодых государств, но и способствовало быстрому решению многих проблем, оставленных в наследство колониальным режимом. Планы Боливара распространялись и за пределы Америки. Он утверждал, что ее патриоты должны добиваться нового политического равновесия в мире, которое лишит абсолютистскую Европу возможности покорять другие части света. Были между Боливаром и Сантандером и другие разногласия.
В 1826 г. в Панаме состоялся созванный по предложению Боливара континентальный конгресс с целью создания конфедерации государств Латинской Америки. В нем приняли участие Великая Колумбия, Перу, Мексика и Гватемала. Вопреки указаниям Освободителя, Сантандер пригласил на этот форум и представителя США.
Конгресс выработал договор «О постоянном союзе, лиге и конфедерации», который, поскольку был ратифицирован лишь Великой Колумбией, в силу не вступил. Первый опыт установления тесного латиноамериканского сотрудничества окончился неудачей не только в результате острых противоречий между государствами континента, но и серьезного противодействия их единству со стороны правительств Соединенных Штатов и Великобритании.
Не способствовала укреплению взаимоотношений Боливара и Сантандера поддержка последним решения о смещении с поста главнокомандующего департамента Венесуэла генерала Паэса, которому Боливар очень доверял.
В мае 1827 г. Боливар и Сантандер вновь были избраны соответственно президентом и вице-президентом. Но Сантандер по существу был отстранен Освободителем от власти, ибо на время своего отсутствия Боливар разрешил министрам самостоятельно, не консультируясь с ним, решать все вопросы.
Окончательный и открытый разрыв между правителями произошел в 1828 г. в городе Оканье, где проходили заседания так называемой Национальной конвенции, созванной для пересмотра конституции. В жарких дебатах там скрестили шпаги сторонники унитарной республики (боливаристы) и федерального государства (сантандеристы). Однако двухмесячные дискуссии не решили спора.
В этой связи сторонники Боливара провели в июне того же года собрание влиятельных горожан Боготы, которые затем обратились к Освободителю с предложением установить диктатуру. Президент прибыл в столицу и взял всю полноту власти в свои руки. Должность вице-президента упразднялась.
Вместе с тем оба государственных мужа отдавали себе отчет в том, что разрыв между ними не отвечал интересам укрепления независимости молодой республики. В поисках компромисса они встретились в городке Токайма, что на полпути от Боготы до Кито. Бывший вице-президент согласился поддержать новую конституцию, разработанную Освободителем. Тот, в свою очередь, отказался от личной диктатуры и обещал наказать своего бывшего друга генерала Паэса, поднявшего мятеж.
Однако политические страсти охладить было уже трудно. Против президента готовился заговор.
Ночью 25 сентября 1829 г. заговорщики ворвались во дворец Сан-Карлос. Боливару едва удалось спастись.
После подавления мятежа, вопреки своему первоначальному намерению уехать в Европу, Боливар дал себя уговорить группе генералов во главе с военным министром Урданетой и не только сохранил власть, но и сурово покарал заговорщиков. Среди других руководителей мятежа был заподозрен Сантандер, приговоренный в этой связи к расстрелу. Формально его участие в заговоре доказано не было. Косвенной уликой служил лишь клич «Да здравствует Сантандер!», с которым заговорщики ворвались во дворец Сан-Карлос. Поэтому смертный приговор был заменен высылкой из страны.
Не успел Освободитель справиться с мятежом в столице, как его ждали новые неприятности — заговоры в Попайяне и Антиокии. В Антиокии мятежниками руководил бывший соратник Боливара и герой многих сражений с роялистами генерал Кордоба.
Спустя несколько месяцев Паэс созвал в Каракасе ассамблею, потребовавшую выхода Венесуэлы из состава Великой Колумбии. В ответ Боливар созвал в январе 1830 г. конгресс в Боготе. Но большинство участников оказались его противниками и выступили с различными обвинениями в адрес президента. Тяжело переживая обрушившиеся на его голову неудачи, Боливар обратился к конгрессу с посланием. В нем он, в частности, писал: «Меня подозревают в том, что я стремлюсь к установлению тирании… Если вы примите мою отставку и назначите президентом человека, любимого народом, вы сделаете счастливой нашу республику… Я навсегда ухожу от государственных дел»{63}.
Несмотря на то что конгресс отклонил его просьбу об отставке, в марте того же года Боливар подал заявление об уходе и удалился в загородную резиденцию.