1 сентября 1598 года Борис Годунов венчался на царство. Чтобы укрепить свое положение, Годунов решил избавиться от опасных конкурентов и начал преследование боярской и княжеской знати. Первым был в 1598 году сослан в далекое Поволжье боярин Богдан Бельский. В 1600 и 1601 году были преданы суду все бояре Романовы, обвинявшиеся по доносу в покушениях и злоумышлениях на государя. Пять братьев Романовых были сосланы на север, а старший Федор с женой были пострижены в монашество – он под именем Филарета, а она – Марфы и отправлены в глухие северные монастыри. Более знатных князей – Шуйских, Рюриковичей, Гедиминовичей – отправили из Москвы на окраинные воеводства.
Во внутренней жизни страны Годунов ввёл строгий порядок управления и население окраин страны старался привести в полное повиновение. В отношении Дона была установлена полная блокада и с Войском прервано всякое общение. Однако его географическое положение имело значение в сношениях с Крымом и Турцией, и Годунов вынужден был обращаться к казакам за услугой по сопровождению послов.
Для укрепления положения в Сибири в 1598 году содержались войска и воеводой был Воейков. Он с 400 казаков отправился в иртышские степи против Кучума. Воейков напал на стан Кучума, разгромил его орду, захватил его жен и имущество. Кучум бежал в киргизские степи, где в скором времени и был убит.
Донские казаки, оторвавшиеся от Москвы, делали набеги на Тавриду и Азов. В 1603 году крымский хан Казы-Гирей выслал из Крыма царского посла Барятинского за то, что он «не хотел удерживать казаков от набегов на крымские владения». Из-за Волги прибыли в Крым ногайские мурзы и жаловались хану, что яицкие и волжские казаки сильно обижают их и много улусов у нас повоевали. Хан требовал ухода терских казаков с Терека, они стали опасны для орд, кочевавших по р. Кубани.
Блокада, установленная Годуновым против донских казаков, лишала их возможности получать «жалованье» огнестрельными припасами и хлебом. Постройка же новых городов к югу от московских границ ставила донских казаков под угрозу полной их ликвидации. Жестокие меры Годунова против знатного боярства и княжеских родов, по примеру царя Ивана Грозного, были ему не по силам. Что могло прощаться «законному» русскому царю, то не могло безнаказанно пройти царю «татарского» рода, не имевшего к тому же никакой наследственной преемственности престолонаследия.
Борис Годунов вступил на московский престол по решению Земского собора, следовательно, имел законное основание для занятия престола князей Рюриковичей. Он обладал большим государственным умом, проявлял большие усилия к улучшению внутреннего быта народа и создавал благоприятные внешние отношения с соседями. Недостатком его было то, что он вопреки обычаям московских царей был неграмотен и не обладал никакой общей культурой. Главным же его недостатком для занятия престола было сознание русского народа, видевшего в нем человека не царского происхождения, достигшего царской власти не «законными» путями. На протяжении долгой и тяжелой русской истории в сознании народа выработалось строгое представление о «законности» царской власти, основанной на старшинстве в роде.
В представлении народа «возложить корону или венец Мономаха на голову татарина не могло не казаться нелепым. К тому же все его благие намерения для улучшения народного быта сопровождались неблагоприятными событиями, преследовавшими его в течение всего времени его царствования. Весною 1601 года полили дожди, продолжавшиеся три недели. Крестьяне не могли ни косить, ни жать хлеб, а 15 августа жестокий мороз повредил озимые хлеба и уничтожил все созревшие плоды. В стране начался голод и продолжался два года. Цены на хлеб поднялись, народ умирал с голоду, и Борис приказал открыть государственные «житницы» и раздавать хлеб бесплатно. За время голода в одной Москве умерло, по сведениям современников, до 1 500 000 людей. Голод утих, но все меры, принимаемые Годуновым, в массах получали своеобразную оценку – во всем видели только его корысть и стремление удержать в своих руках царскую власть. Не везло Годунову и в семейных расчетах. Его дочь была посватана за датского принца. Но по прибытии принца в Москву он скоропостижно умер, – и это несчастье народная молва приписывала злому умыслу Годунова. Но наиболее страшным обвинением для Годунова была хранившаяся в народном предании смерть царевича Димитрия.
Уже во время происходивших бедствий в Москве, связанных с голодом, в Москве стали появляться слухи, что царевич Димитрий жив и появился в Польше. Сведения эти стали в скором времени принимать более реальные формы.
Донские казаки мерами Годунова были поставлены совершенно во враждебные к нему отношения, и первые сведения о царевиче Димитрии Годуновым были получены от донских казаков. В 1604 году донские казаки захватили на Волге Семена Годунова, ехавшего с поручением в Астрахань, и отпустили его в Москву с наказом: «Объяви Борису, что мы скоро будем к нему с царевичем Димитрием». (Карамзин. Т. II, с. 148–149.)