Оба царевича были венчаны на царство. Начальником стрелецкого Приказа был назначен кн. Хованский, державшийся старых церковных уставов. Преследуемые раскольники почувствовали в нем защитника, и Москва стала наполняться их проповедниками, предсказывавшими скорую гибель никонианцев. После бунта стрельцов начинался бунт раскольников. Раскольники потребовали через Хованского открытого диспута с патриарахом. Поддержанные стрельцами и растерянностью правительства, раскольники собирались на площади перед Грановитой палатой и разложили книги, приготовились для церковного спора. Чтобы не подвергать опасности патриарха, раскольничьих начетчиков пригласили в палату. Царевна с несколькими царскими особами вошла в палату и прения начались. Патриарх начал объяснять им греческие тексты, но раскольники заявили, что они пришли не для толковании греческой грамматики. Спор продолжался до звона к вечерне. Раскольники вышли на улицу и стали кричать, что они победили. Царевна, чтобы положить этому конец, потребовала к себе выборных стрельцов и предложила им выбор между ею и раскольниками. Стрельцы приняли ее сторону и заявили, что готовы за нее умереть. Правительница приказала перехватать самых беспокойных, что и было сделано. Вождю раскольников отсекли голову, многих разослали по монастырям. В Москве настало успокоение. Не успокоился Хованский, он стал врагом кн. В. В. Голицына, Милославских и правительницы. Хованский стал искать опору в стрельцах и всячески им потворствовал. Правительница стала искать случая, чтобы расправиться с Хованским. Случай этот представился.
19 августа, в день храмового праздника Донского монастыря, вся царская семья должна была участвовать в крестном ходе. Накануне распространили слух, что Хованский замышляет истребить весь царский дом во время крестного хода. Все царское семейство покинуло Москву, и двинулось в Троицкую Лавру, откуда правительница от имени царей разослала грамоты, чтобы дворяне и всяких чинов: ратные люди, спешили к Москве на защиту царского дома и православной веры против замыслов Хованского. К этому времени ожидался приезд в Москву с большой свитой сына украинского гетмана и готовился большой парад. Хованскому было послано приглашение присутствовать на параде. Он c небольшой группой стрельцов выехал из Москвы. Царевна Софья; приказала кн. Лукову с отрядом итти навстречу ему, окружить и взять добром или лихом. Хованский с сыном был схвачен и доставлены в село Воздвиженское. Отец и сын были приговорены к смерти и обезглавлены. Младший сын Хованского бросился в Москву и поднял среди стрельцов тревогу, которые стали готовиться к защите Москвы. От царей была прислана грамота, в которой обещалось им прощение, при условии, если они положат оружие и пришлют верных людей с повинной.
Через неделю выборные с веревками на шее явились с повинной. Царевна обещала отпустить их с миром, при условии, если стрельцы возвратят пушки и порох. Стрельцы выполнили требование и Москва успокоилась. Во главе Стрелецкого Приказа был поставлен Шакловигый. Против стрельцов были приняты меры: 12 полков были отправлены на пограничные службы и только пять оставлены были в Москве. Последовал приказ сделать набор пяти новых полков из верных людей и прислать их в Москву. Началось постепенное прибирание к рукам стрелецких полков, и замена их полками новых наборов из дворян, боярских детей и служилых казачьих полков.
Событии, происходившие в Москве, имели отражение и на окраинах. В мае 1682 года донские казаки принесли присягу на службу царю Петру Алексеевичу. Церковный раскол сказывался и на Дону. Массы раскольников, бежавших из московских пределов, сосредотачивались на окраинах верховных станиц.
В большом количестве они собирались в устье Медведицы, где главным распространителем раскола был Кузьма Косой. Большие скопища раскольников скрывались и по другим рекам: Иловле, в районе Паншина. Центром их духовного движении оказался устроенный ими монастырь при устье Медведицы на правом берегу Дона, на склоне глубокого оврага, круто спускавшегося к Дону. Из монастыря шли повсюду чернецы, проникали вглубь Дона, создавали тайные раскольничьи скиты и разносили хулу на церковь, патриарха и царя.