Однако несмотря на поражение турки не думали о мире, и Леопольду и Собесскому нужно было готовиться к новой войне. Папа Иннокентий был провозглашен «патроном» европейского союза и стал приглашать государей вступать в союз, в особенности царей московских. В 1686 году в Москву прибыли послы Австрии и польского короля и начались переговоры. В 1686 году с Польшей был заключен «вечный мир». Польша навсегда уступила Киев России. Московские государи обещались разорвать мир с Турцией и Крымом и послать свои войска на крымские переправы для защиты Польши от татарских нападений. Для охраны южных границ и крымского пути были высланы донские казаки. Но, когда в Москве велись переговоры с Польшей, донские казаки самостоятельно порвали мир с Турцией и вступили с ней в войну. Фрол Минаев объяснил московским послам, что он со слезами унимал донских казаков, «чтобы мира с Турцией, заключенного еще при царе Федоре Алексеевиче, не нарушали, но они не послушались, потому что много „голытьбы“ и „наброду“, и присланное жалованье многим не достается и для того унять нельзя». Действительно, на Дон шло не только много отдельных лиц, распространявшихся по станицам, лесам и оврагам, но надвигались и большие скопища раскольников. В 1686 году по Дону прорвалась большая группа до Черкасска и стала уговаривать казаков защищать старую веру. Казаки разогнали скопище и раскольники двинулись на Кавказ, где поддались под покровительство турецкого султана. Расправа с раскольниками в Москве не сломила раскола. Преследуемые, они бежали к шведским и польским границам и на Дон. На Дону в некоторых случаях перестали пить заздравные чаши за великих государей, как это было в обыкновении: «Да здравствует царь в кременной Москве, а казаки на Дону». После заключенного договора с Польшей начиналась война с Турцией. Правительница Софья приказала готовиться к походу. Из 9 разрядов к походу назначались — три. 22 февраля войска из Москвы выступили в поход. Главным воеводой был назначен князь Василий Васильевич Голицын. К нему присоединился гетман Самойлович с 50 000 казаков. Донские казаки под начальством атамана Фрола Минаева выступили для охраны южных границ и 13 июля армия достигла урочища Большой Луг, а о татарах никаких известий не было. Но на горизонте, к югу, стала подниматься серая масса, застилавшая небо, в степи начинался пожар. Армия подошла к горелому полю, не было ни травы, ни воды. Потом пошел дождь, стала вода, но не было травы. Голицын собрал военный совет и было решено возвращать армию обратно.
По возвращении армии к Конским Водам распространился слух, что степь была зажжена казаками по приказанию гетмана, чтобы помешать русским покорить Крым, с покорением которого кончалось и украинское казачество. Действительно, Самойлович был ярым противником разрыва с Турцией и союза с Польшей. В это время на Украине решался очень важный вопрос подчинении киевского митрополита московскому патриарху, вопрос, который зависел и от власти турецкого султана. Необходимо было иметь разрешение Константинопольского патриарха, зависевшего от власти турок. Вопрос этот был благополучно разрешен в пользу Москвы благодаря вмешательству гетмана Самойловича.
В 1685 году киевским митрополитом был избран Тиделеон, который и был посвящен московским патриархом в Москве. Тем не менее в Москве обвиняли Самойловича за его противодействие разрыву с Турцией и сделали ему выговор. На Украине много было противников Самойловича. Вся казачья старшина подала Голицыну указ, в котором указывалось Самойловича вызвать в Москву и казнить. Самойлович с сыном были арестованы, на его место был избран гетманом Мазепа, и из рук князя Голицына он получил бунчук, булаву и знамя.