На место умершего папы Агапита в Риме избрали Сильверия
, сына папы Гормизды. Но в Византии этому не сочувствовали, ибо уже узнали о нежелании нового папы возвышать 1-ю Юстиниану и об его несговорчивости по монофизитским делам. Подходящим антипапою явился апокрисиарий при Константинопольской кафедре диакон Вигилий, принадлежавший к римской знати и человек очень честолюбивый. Он вошел в тайное соглашение с императрицею и уехал в Италию с поручением императрицы к полководцу Велизарию возвести его в папы. Велизарий, искусственно обвинивший папу Сильверия в измене, в сношении с готами, низложил его и возвел на его место 22-го ноября 537 г. папу Вигилия. В исполнение своих обязанностей Вигилий отказался от требования анафемы на Евфимия, Македония и Фравиту, ограничив её одним Акакием, признал особые права за епископом 1-й Юстинианы и послал письма к монофизитским патриархам — Феодосию, Анфиму и Северу с анафемою на Павла Самосатского, Диоскора, Феодора и Феодорита и «всех тех, кто чтил или чтут их положения» /Это было тайною; письмо было послано чрез жену Велизария Антонину — Liberat. Brev. с. XXII/.Гонимых монофизитов деятельно поддерживала Феодора
. Так после Константинопольского Собора 536 г. низложенного Антима императрица приняла в свой дворец, где он тайно жил до самой её смерти (548 г.). Когда Север († 540 г.) пред указанным Собором прибыл в Константинополь, то был приглашен императрицею жить во дворце. Как в Константинополе, по смерти Епифания, кафедра, по влиянию императрицы, была замещена Антимом; так и в Александрии, по смерти Тимофея, не без содействия императрицы же, в 535 году, на кафедру вступил Феодосий. Несогласная часть населения избрала патриархом Гаяна. По настоянию диакона Пелагия, апокрисиария папы Вигилия, Феодосии был вызван в столицу в 538 г. Он отказался признать Халкидонский Собор. В 540 г. он был сослан в крепость Деркос. Вскоре он, однако, был возвращен в столицу. Место его занял православный Павел. Последний был обвинен в разных жестокостях, при исполнении своей миссии — утверждении Халкидонского Собора, и был низложен в 543 г.; место его занял Зоил.На Востоке монофизиты подвергались энергичному преследованию со стороны патриарха Антиохийского Евфрема
(526-545 г.). В Сирии ему удалось значительно ослабить монофизитскую Церковь. Сирийские арабы твердо стояли на стороне монофизитов. По их просьбе, константинопольские монофизиты выслали в 542 г. им двух лиц — Феодора и Якова Барадея. Первый был посвящен в епископы Востры, второй — Эдессы. Яков обошел все восточные области и повсюду восстановлял расстроенный преследованиями и отпадениями клир монофизитских Церквей. Так в течение нескольких лет возродилась новая иерархия монофизитской Церкви по всему Востоку (Иоанн Ефесский. Comment. 159. Liberati Breviar. с. XXIV).