Однако, со стороны западных последовал решительный протест против данного эдикта — прежде всего, в Константинополе, от апокрисиария Стефана и Медиоланского епископа Дация. Не раз упоминаемый Пелагий решительно осудил эдикт и запросил по этому поводу диакона Карфагенской Церкви Фульгенция Ферранда. Последний резко порицал эдикт, отрицая смысл и надобность обличать заблуждения и анафематствовать людей, умерших в мире с Церковью (Fulgentii Ferrandi. Ep. I (Patrol, lat. LXVII, 921-928)). Юстиниан очень нуждался в согласии главы Западной Церкви, папы Вигилия, в свое время давшего много обещаний Византийскому двору. Юстиниан IIожелал приезда папы в Константинополь. Последний, сочувствуя западному духовенству в его отрицательном отношении к указу императора, медлил исполнить пожелание императора. Юстиниан спешил. По его распоряжению, колеблющийся папа был схвачен в церкви св. Цецилии и в ноябре 545 г. доставлен на остров Сицилию, где он встретился с Африканскими епископами и оставался целый год. В Константинополь он прибыл в начале (25-го января) 547 г. Несмотря на радушную встречу с императором, папа начал решительно проводить свое воззрение на эдикт. Он отрешил Мину за подписание эдикта; последний с своей стороны прервал сношения с папою, вычеркнув его имя из диптихов. Раскол продолжался до 29 июня, праздника Петра и Павла, когда общими усилиями удалось склонить папу к примирению с Миною (Theophan. Chron. 225, 227). В начале 548 г. папа организовал соборные заседания из приехавших с ним Африканских епископов и тех восточных, прибывших в Царьград, которые еще не подписали эдикта, — в общем в собрание входило до 70-ти епископов. На этих собраниях сам Вигилий, по Факунду, выступал, как judex, а самые собрания были judicia. По вопросу о трех главах не было достигнуто ни устного, ни письменного согласия. Однако, в угоду императору и императрице папа 11-го апреля 548 г. издал от своего имени «Judicatum» с осуждением трех глав, в виде послания на имя патриарха Мины. Почти весь Запад оказался против папы; даже сопровождавшие его диаконы — один из них племянник — Рустик и Севастьян отделились от него. Африканские епископы, во главе с Репаратом Карфагенским, отлучили самого папу (Patrol, lat. LXIX, 55-59. — Mans; IX. 151-156. — Vict. Tonn, s. a (Chron. min. II 202)). Испуганный такими последствиями от изданного документа, папа упросил императора вернуть ему «Judicatum». Однако император взял в августе 550 г. клятвенное обещание с папы содействовать решению вопроса в желательном для императора смысле на предстоящем Соборе; а папа уговорил императора не предпринимать ничего решительного против трех глав без соборного обсуждения предмета. Однако, благодаря тому же Феодору Аскиде, император не сдержал своего слова. По его предложению, император написал свое исповедание веры — omologia pistevw с 13-ю анафематизмами против трех глав. И это был второй указ против трех глав, изданный, вероятно, в 551 г. Текст этого эдикта дошел до нас (Mansi IX, 537-582).