Унионный собор между тем открылся в 1438 г. в Ферраре. Греки были на нем представлены в значительном числе. Кроме патриарха Иосифа Константинопольского, лично присутствовал также император Иоанн Палеолог. Переговоры велись с большим трудом. Собор несколько раз прерывался. Только опасность перед турками и надежда с помощью Запада отклонить угрожавшую от них опасность сдерживали греков. Согласно указанию своего императора они с самого начала отклонили всякие переговоры о догматических различиях. Когда же возник вопрос о «Filioque», то они ограничились указанием на недозволенность делать какие-либо прибавки к символу. Во Флоренции же, куда собор перебрался в 1439 г., они остановились исключительно на догматической стороне вопроса и после долгих прений в конце концов западное учение было признано истинным всеми, исключая Ефесского архиепископа Марка Евгеника. После этого перешли к дальнейшим спорным пунктам, чистилищу, началу «Visio beatific», употреблению опресноков в евхаристии, примату Римской церкви и т. д. После воспоследовавшего объяснения Евгением была, наконец, провозглашена уния в декрете «Laetentur coeli». Тем самым собор исполнил свою основную задачу. Главным образом, имея в виду базельцев, собор этот продолжил свои заседания также и после ухода греков, причем в это время были унированы армяне (осенью 1439 г.), иаковиты (1442 г.), месопотамцы между Тигром и Евфратом (1444 г.), халдеи (несториане) и марониты на острове Кипре (1445 г.). Со времени унии с последними иссякают известия о соборе. Впрочем, уже со второго года заседания его происходили более не во Флоренции, а в Риме. Когда Евгений в 1443 возвратился в город, из которого девять лет тому назад принужден был бежать по причине восстания, то он немедленно перенес в Латеран также и заседания собора.
Что касается одновременной деятельности Базельского собора, руководительство которым перешло ныне на Людовика Арльского, то он в начале 1438 г. наложил суспенз на Евгения. Вне собора этот акт не имел нигде никакого дальнейшего действия. Последняя схизма его своими печальными последствиями была еще слишком жива в памяти, чтобы новая могла рассчитывать на благоприятный прием. Некоторые государи открыто выступили против собора. При таких обстоятельствах великие державы того времени попытались выступить в роли посредников, именно французы на Буржесском соборе (1438 г.), а германцы на ближайших сеймах (Франкфурт 1438 г. и Майнц 1439 г.). Несмотря на это, конфликт все же продолжался. Базельцы в 1439 г. объявили Евгения IV схизматиком и еретиком, так как он противился Констанцким декретам (как определениям веры). Когда же он предал их анафеме, как еретиков, так как они желали догматизировать собственное своеволие, то базельцы в лице вдового герцога Амедея Савойского противопоставили ему антипапу Феликса V (1439–1449 гг.). Христианство, однако, все более склонялось к Евгению. Франция и другие государства тотчас же высказали ему свою покорность. За ними последовали Шотландия и Арагон (1443 г.), когда король Альфонс нанес окончательное поражение своему конкуренту на Неапольскую корону герцогу Рене Анжу (1442 г.) и папа после этой победы исполнил все его требования. При таких обстоятельствах немцы возобновили свои посреднические попытки и когда их предложение о созыве Вселенского собора, повторенное ими на Майнцском сейме 1441 г., было одинаково отклонено как в Базеле, так и Евгением, то они ближе заняли нейтральное положение. Впоследствии и они также перешли на сторону Евгения. Поворот произвел император Фридрих III (1440–1493 гг.). В 1445 г. он сблизился с папой, а его образ действий вызвал подражание со стороны всех других властителей. Еще весной 1446 г. курфюсты на франкфуртском сейме заняли угрожающее положение к Евгению, так как незадолго до этого он низложил двух их сочленов, архиепископов Кельнского и Трирского, за их участие в Базельском соборе. Однако уже осенью того же года, на ближайшем Франкфуртском сейме, два курфюста (Майнцский и Бранденбургский) и два епископа высказались за папу. Вскоре за ними последовала и большая часть других князей. Наконец в 1447 г. с папой окончательно примирились заключением Франкфуртского или Княжеского конкордата. Завершение этого дела последовало после смерти Евгения при ближайшем его преемнике Николае V (1447–1455 гг.), бывшем Томазо Парентучелли из Сарцана. Уже из предшествовавших переговоров выяснилось, что он в высокой степени сочувствовал этому делу. В 1448 г. был заключен Венский конкордат, чем было создано основание для примирения со всей нацией, так как этот договор мало-помалу был принят всеми князьями. Заключение мира имело свое значение также и для Базельского собора. Изгнанный из городов империи, собор перебрался в Лозанну (1448 г.), чтобы там после нескольких лет жалкого существования и при отсутствии с 1443 г. даже торжественных заседаний, вполне закончить свое существование признанием Николая V в 1449 г.