Такую неразумную политику первым начал Василиск, низложивший императора Зенона, в 476 году отменивший решения Халкидонского собора и созвавший новый собор. Но он так и не состоялся, поскольку Зенон вернулся к власти и планы Василиска не осуществились. Затем Зенон в 482 году издал "Указ о согласии" – Энотикон, – в котором просто-напросто устанавливал, что все должны вернуться к прежним своим позициям, которых большинство придерживалось до раскола. Но это вызвало новые разногласия – многие, в том числе папа Феликс III, сочли, что император не имеет права предписывать, во что надо верить. Поскольку Зенона поддерживал патриарх Константинопольский Акакий, дело вылилось в открытый разрыв между епископами Рима и Константинополя. Из-за этого "раскола Акакия" отношения между Востоком и Западом прервались до 519 года, то есть до времени, когда оба его инициатора давно умерли. К тому времени император Юстин I и папа Гормизд достигли согласия, фактически означавшего признание решений Халкидонского собора.
Юстина сменил его племянник Юстиниан – самый выдающийся император Византийской империи, возродивший ее воинскую славу завоеванием Северной Африки и Италии, восстановивший Софийский собор и разработавший целостную систему законов. Но он заблуждался, полагая, что может добиться расположения своих подданных, отвергавших решения Халкидонского собора, осуждением не собора как такового, а сочинений трех антиохийских богословов, которые вызывали особенную неприязнь противников решений собора. Результатом стал так называемый "спор о трех главах", вызвавший такое волнение, что Юстиниан был вынужден созвать собор, который состоялся в Константинополе в 553 году. По настоянию Юстиниана собор, получивший известность как V Вселенский собор, осудил три главы. Но это не удовлетворило тех, кто хотел отмены решений Халкидонского собора в целом, и усилия Юстиниана не принесли особых результатов.
Последним императором, пытавшимся добиться расположения противников решений Халкидонского собора, стал Ираклий, правивший в начале VII века. Патриарх Константинопольский Сергий предложил точку зрения, согласно которой у Христа было действительно две природы, но только одна воля. Позиция Сергия выглядит не вполне ясной, но он как будто бы имел в виду, что божественная воля заняла у Христа место человеческой. Во всяком случае именно так она была истолкована и поэтому встретила те же самые возражения, которые выдвигались ранее против позиции Аполлинария: человек без человеческой воли не может быть полностью человеком. Точку зрения Сергия, получившую известность как "монофелитство" – от греческих слов
В определенном смысле завершающим эпизодом христологической полемики стали споры об использовании икон. В ранней церкви против использования образов как будто не было возражений – катакомбы и другие места богослужений украшались рисунками с изображением причащения, крещения и различных библейских сцен. Позднее, когда империя приняла христианство, некоторые ведущие епископы начали высказывать по этому поводу озабоченность, полагая, что иконы могут привести людей, которых все больше приходило в церковь, к идолопоклонству, и выступили не против икон самих по себе, а против злоупотребления ими как объектами поклонения. В VIII веке византийские императоры начали принимать меры против иконопочитания, а в 754 году Константин V созвал собор, запретивший использование икон и осудивший тех, кто выступал в их защиту. Причины этого решения не вполне ясны. Безусловно, определенную роль сыграла близость ислама с его строгим запретом телесных изображений. Кроме того, императоры, по-видимому, стремились ограничить авторитет монахов, которые почти единодушно выступали в поддержку икон. Как бы там ни было, вскоре вся империя разделилась на "иконокластов" (иконоборцев) и "иконодулов" (сторонников почитания икон).