Несмотря на такое сопротивление, первые годы правления Бонифация были для него очень удачными. Он решил навести порядок в Италии и весьма в этом преуспел. Он организовал кампанию против семейного клана Колонна, своего самого сильного противника в Италии, в результате которой его члены лишились своих земель и замков и были вынуждены отправиться в изгнание. В Германии Альберт Габсбург восстал против Адольфа Нассауского и убил его. Бонифаций назвал его бунтовщиком и цареубийцей, и Альберт был вынужден пойти на примирение на условиях, повышавших престиж папы. Англия и Франция стояли на пороге войны, которая станет прелюдией к Столетней войне, и Бонифаций решил примирить их. Когда французский король Филипп IV и английский король Эдуард I отказались прислушаться к его увещеваниям, он прибег к более энергичным действиям и выпустил буллу
Высшей точки его понтификат достиг в 1300 году. Он провозгласил его великим юбилейным годом и обещал полное отпущение грехов всем, кто посетит гроб святого Петра. Рим наводнился паломниками, пришедшими поклониться не только Петру, но и его преемнику, казавшемуся самой выдающейся фигурой в Европе.
Но обострялись отношения с Францией. Филипп предоставил убежище и оказывал поддержку Шарре Колонне, одному из злейших врагов Бонифация. Он также бросил вызов папе, конфисковав церковные земли и предложив руку своей сестры императору, которого Бонифаций объявил узурпатором и цареубийцей. Переписка между Францией и Римом носила почти оскорбительный характер. Французский посол при папском дворе вел себя вызывающе по отношению к папе, а король жаловался, что легат Бонифация тоже оскорбляет его. В начале 1302 года в присутствии короля сожгли папскую буллу, а позднее в том же году Филипп созвал Генеральные штаты (французский парламент), чтобы добиться одобрения его политики в отношении Рима. Следует отметить, что на этом заседании Генеральных штатов помимо двух традиционных сословий (дворянства и духовенства) впервые присутствовали представители "третьего сословия" – буржуазии. Это собрание направило несколько посланий в Рим в поддержку политики Филиппа.
Бонифаций ответил буллой
У Бонифация оставалось последнее средство, которым его предшественники неоднократно пользовались для подавления сопротивления непокорных правителей, – отлучение от церкви. Он созвал ближайших помощников в родном городе Ананьи, где подготовил буллу об отлучении, которую предполагал обнародовать 8 сентября. Но французы понимали, что противостояние достигло высшей точки. Шарра Колонна и Гийом Ногаре прибыли в Италию и подготовились к такому повороту событий – сформировав небольшой вооруженный отряд, они 7 сентября, за день до предполагавшегося оглашения приговора об отлучении от церкви, прибыли в Ананьи и похитили папу, а его резиденция и дома его родственников были разграблены толпой.