Тамплиеры надеялись, что папа выступит в их защиту и выразит протест против совершающейся несправедливости. Но Климент сделал прямо противоположное. Получив от королевских должностных лиц протоколы с признаниями тамплиеров, он приказал арестовать всех членов ордена, находившихся за пределами Франции, чтобы предотвратить любые действия, которые они могли предпринять в отношении своих арестованных братьев. Узнав, что признания получены под пытками, он приказал прекратить их, заявив, что сам будет судить тамплиеров и что они неподсудны гражданским властям. Но обвиняемые оставались в тюрьме, и папа не сделал ничего для их освобождения. Затем король обвинил Климента в подстрекательстве к тем злодействам, которые якобы совершали тамплиеры, и Климент, в очередной раз уступив, согласился созвать собор для рассмотрения вопроса.
Филипп и Ногаре надеялись, что собор пойдет у них на поводу, но его участники проявили большую непреклонность, чем папа. Возможно, епископам было стыдно за мягкотелость своего руководителя. Они настаивали на повторном слушании дела с предоставлением обвиняемым возможности выступить в свою защиту. В конце концов, когда собор занимался рассмотрением других вопросов, Филипп и Климент пришли к соглашению. Тамплиеров не будут судить за их предполагаемые преступления, но орден будет распущен административным решением папы, а имущество передано другому ордену. Собор, не имевший более полномочий в этом деле, был распущен. Что касается богатства тамплиеров, большая его часть отошла Филиппу, представившему папе огромный счет судебных издержек и настоявшему на его первоочередной оплате.
Многие тамплиеры остаток жизни провели в тюрьмах. Когда Жака де Моле с одним из его рыцарей привели в собор Парижской Богоматери для покаяния в грехах и опровержения тем самым утверждений о совершении в их отношении серьезного преступления, они отказались от признаний и заявили, что все обвинения были ложными. В тот же день их сожгли на костре.
Климент V умер в 1314 году. Его понтификат стал предвестником грядущих событий. В 1309 году он сделал своей резиденцией Авиньон, город у самых границ Франции. В течение последующих почти семидесяти лет папы, продолжая называть себя Римскими епископами, находились в Авиньоне. Этот период, который часто называют "авиньонским папством" или "вавилонским пленением церкви", характеризовался не только отсутствием пап в Риме, но и готовностью папства служить инструментом французской политики.
После смерти Климента кардиналы не смогли договориться о кандидатуре следующего папы. Поэтому они избрали семидесятидвухлетнего человека в надежде, что его понтификат будет коротким и за это время они придут к согласию. Но этот папа, принявший имя Иоанна XXII, удивил мир своей жизненной энергией и продолжительностью пребывания у власти (1316-1334). С помощью французов он стремился утвердить папскую власть в Италии и вследствие этого оказался втянутым в нескончаемую череду войн. Для финансирования этих войн и своего двора в Авиньоне Иоанн разработал сложную систему церковных налогов, вызывавшую всеобщее недовольство, особенно среди противников его профранцузской ориентации.
Бенедикт XII (1334-1342), обещавший римлянам вернуться в их город, начал строительство большого дворца в Авиньоне. Кроме того, несмотря на данное обещание римлянам, он перевез папские архивы в Авиньон. Весь авторитет папской власти он поставил на службу французской короне, а поскольку происходило это во время Столетней войны, такая политика отталкивала от него Англию и ее основного союзника – империю. Климент VI (1342-1352) пытался стать посредником между французами и англичанами, но было ясно, что вторые считают его сторонником первых, и все его усилия оказались бесплодными. Во время его правления, отмеченного расцветом непотизма, авиньонский двор своей пышностью и роскошью соперничал с дворами наиболее крупных светских феодальных сеньоров. Именно в то время разразилась эпидемия, и многие считали, что она стала Божьим наказанием за уход пап из Рима. Следующий папа Иннокентий VI (1352-1362) начал договариваться о возвращении в Рим, но умер, не успев осуществить свой замысел. Урбан V (1362-1370) был реформаторски настроенным человеком и вел крайне дисциплинированную жизнь. В авиньонском дворе он произвел радикальные преобразования, удалив из него всех, кто не следовал его аскетическому образу жизни. В 1365 году он вернулся в Рим, где встретил восторженный прием. Но ему не удалось сохранить лояльное отношение римлян, а в Италии происходили такие беспорядки, что он решил вернуться в Авиньон. Следующим папой стал Григорий XI (1370-1378), которого кардиналом в семнадцатилетнем возрасте сделал его дядя Климент VI. Именно в это время Екатерина Сиенская обратилась к папе с призывом вернуться в Рим.