В зарождавшейся мексиканской церкви возникало множество конфликтов и спорных вопросов. Монахи крестили любого, кто того пожелает, при единственном условии: надо было признать, что Бог един и что Иисус есть наш Спаситель, и по памяти повторить Молитву Господню и "Аве Мария". В некоторых случаях не соблюдались даже и эти требования. По слухам, были миссионеры, крестившие по нескольку сотен человек в день, иногда просто окропляя некоторых из них. У секулярных, то есть не принадлежавших к монашеским орденам священников были основания завидовать успехам монахов, хотя большинство из них делали очень мало для обучения индейцев. Они обвиняли монахов в чрезмерном упрощении обряда крещения, но не в снижении требований, как можно было бы ожидать, а в опущении некоторых элементов самого обряда. В конце концов спор был разрешен папой Павлом III, заявившим, что уже соверш?нные по упрощенному образцу обряды крещения остаются в силе, но что впредь необходимо соблюдать определенные требования. Но даже после вмешательства папы разногласия между монахами и секулярным духовенством сохранялись в течение жизни нескольких поколений.
Первым епископом, а затем архиепископом Мексики был францисканец Хуан де Сумаррага. Он был убежден в необходимости реформировать церковь путем надлежащего обучения верующих и подготовки образованных священников. С этой целью он организовал в Мехико типографию – первую в Западном полушарии – и печатал в ней книги для обучения индейцев. Среди них была книга, автора которой Сумаррага не указал, но которая впоследствии была осуждена испанской инквизицией как протестантская. Он также способствовал основанию в Мехико университета и был активным защитником индейцев от всех, кто стремился эксплуатировать их, какое бы высокое положение ни занимали эти люди.
Но как и большинство христиан того времени, этот в других отношениях непредубежденный епископ был нетерпимым ко всему, что он считал ересью. В 1536 году его назначили "папским инквизитором" Новой Испании, как тогда называлась Мексика. С этого времени по 1543 год за ересь судили 131 человека. Большинство обвиняемых были испанцами, но суду подверглись и тринадцать индейцев. Наиболее известным среди них был вождь Карлос Чичимектекотл, который учился у францисканцев и которого обвинили в поклонении идолам, внебрачном сожительстве и неуважении к священникам. Он признал, что жил со своей племянницей. При обыске у него нашли идолов, которых, по его словам, он хранил как исторические реликвии. Никто не видел, чтобы он поклонялся им. Дело, по всей видимости, закончилось бы незначительным наказанием, если бы один из свидетелей не показал, что слышал заявление Чичимектекотла о том, что религия христиан сомнительна, так как многие из них – законченные пьяницы, контролировать которых священники не в состоянии. На этом основании его приговорили к сожжению на костре.
Чичимектекотл был образованным человеком, поэтому суд над ним придал силу доводам тех, кто противился образованию индейцев. Аргументация сводилась вовсе не к тому, что индейцы учиться не способны. Напротив, утверждали, что если они научатся читать и писать, это даст им возможность общаться между собой на всем пространстве между двумя океанами и тем самым сделает их опасными. Именно из-за этого опасения обучение индейцев проводилось на крайне низком уровне. Тем же в основном объяснялись сомнения даже наиболее прогрессивно мыслящих испанцев относительно целесообразности рукоположения индейцев. В 1539 году собрание руководителей церкви под председательством Сумарраги приняло решение о предоставлении индейцам возможности получать четыре низших степени священства, но ни одна из них не предусматривала совершения обрядов. Доминиканцы, будучи менее прогрессивными, чем францисканцы, полагали, что индейцев вообще не следует рукополагать или обучать. Те же настроения царили в монастырях. Францисканцы, которые и на эти вопросы смотрели шире, позволяли индейцам жить в своих монастырях и носить особую коричневую сутану. Но им не разрешалось давать обеты и даже становиться членами братства. Если испанским францисканцам кто-то из них начинал казаться недостойным, они просто изгоняли его, независимо от продолжительности жизни в общине. В 1588 году королевский указ разрешил индейцам становиться священнослужителями и давать монашеские обеты. Нов 1636 году король жаловался, что рукоположено слишком много "метисов, незаконнорожденных и других людей второго сорта".