Но в рядах пуритан, объединившихся в борьбе с королем и его епископами, наблюдался теперь глубокий раскол. Большинство парламента поддерживало в то время пресвитерианскую форму правления с национальной церковью без епископов. Но в армии большинство составляли индепенденты. По многим вопросам у них не было между собой согласия. Но все они единодушно считали, что национальная церковь с пресвитерианской формой правления лишит их свободы следовать Библии в соответствии с тем, как они ее понимают. В результате отношения между парламентом и армией все больше обострялись. В 1646 году парламент предпринял безуспешную попытку распустить армию. В армии набирали силу еще более радикальные группы, такие как "пятая монархия" и "левеллеры". Некоторые из них провозглашали, что Господь вот-вот вернется и что необходимо преобразовать общественный порядок, установив справедливость и равенство. Парламент, в котором купеческое сословие все еще обладало значительным весом, в ответ ужесточил меры против армии, та же в свою очередь заявила, что от имени народа может выступать не парламент, а армия, так как она шире отражает его представительство.
В этот момент король сбежал. Затем он начал переговоры с шотландцами, с армией и с парламентом, давая всем взаимоисключающие обещания. Он добился поддержки шотландцев, которым обещал установить пресвитерианство как в Шотландии, так и в Англии. Тем временем он продолжал секретные переговоры с парламентом. Но пуританская армия разгромила шотландцев, захватила короля и приступила к чистке парламента. Сорок пять лидеров парламента были арестованы, среди оставшихся многих не пускали на заседания, а кое-кто сам отказывался их посещать. То, что от него осталось, его противники совершенно справедливо назвали "охвостьем" Долгого парламента.
Именно это "охвостье" начало судебное разбирательство по делу Карла, которого обвинили в государственной измене и в развязывании в стране гражданской войны. Четырнадцать лордов, посмевших явиться на заседание палаты лордов, единодушно отказались поддержать обвинения. Тем не менее палата общин продолжила суд, и Карл, не желавший защищаться на том основании, что у его судей нет правовых полномочий, 30 января 1649 года был обезглавлен.
Шотландцы, боявшиеся вновь стать зависимыми от Англии, быстро признали своим монархом Карла II, сына покойного короля. Ирландцы воспользовались обстоятельствами и подняли очередное восстание. В самой Англии среди пуритан-индепендентов возникли разногласия. Все большую силу набирали "диггеры" – одно из самых радикальных ответвлений этого движения. Они призывали к установлению нового общественного порядка, при котором право на обладание собственностью должно принадлежать всем. Своей пропагандой они угрожали интересам торгово-купеческих слоев, ранее поддерживавших парламент в его противоборстве с королем. В то же время пресвитериане продолжали настаивать на принципах общенациональной церкви, что с точки зрения индепендентов было тиранией. Короче говоря, стране угрожал хаос.
Тогда бразды правления взял в свои руки Кромвель. Он не участвовал в чистке парламента, но одобрил ее, и от имени "охвостья" парламента сначала подавил восстание ирландцев, а затем положил конец всплеску роялистских настроений в Шотландии. Карл II был вынужден бежать на континент. Затем Кромвель решил сделать то, чего не сумел король: когда "охвостье" парламента приступило к обсуждению закона, который должен был увековечить его власть, Кромвель явился на заседание, изгнал из помещения немногих остававшихся там делегатов и опечатал его. Тем самым, возможно даже против собственной воли, он стал хозяином страны. В течение некоторого времени он пытался вернуться к какой-то форме представительного управления, но в конце концов принял титул "лорда-протектора". Теоретически он должен был править с помощью парламента, состоявшего из представителей Англии, Шотландии и Ирландии. Но на самом деле парламент состоял по преимуществу из англичан, а реальная власть принадлежала Кромвелю.
Кромвель разработал программу реформирования как церкви, так и государства. С учетом атмосферы в стране его религиозная политика выглядела достаточно терпимой. Сам он был индепендентом, но старался установить такую религиозную систему, где нашлось бы место пресвитерианам, баптистам и даже умеренным сторонникам епископского правления. Будучи пуританином, он пытался также реформировать нравы и обычаи в стране путем принятия законов, касающихся воскресенья, скачек, петушиных боев, театральных представлений и так далее. Его экономическая политика благоприятствовала среднезажиточным слоям населения в ущерб интересам аристократии и в определенной мере бедноты. Сопротивление протекторату росло как среди самых богатых, так и среди самых бедных.