Тем временем серьезным ударом по папской власти стал роспуск ордена иезуитов. Абсолютные монархи XVIII века с подозрением относились к этому ордену, как раз и созданному для защиты папства. Падению популярности иезуитов способствовала и поддержка ими крайних католиков, нетерпимость которых привела к Тридцатилетней войне. Бурбоны, в частности, испытывали глубокую антипатию к иезуитам, последовательно поддерживавшим их противников Габсбургов. Поэтому, когда Бурбоны упрочились, а Габсбурги начали сдавать позиции, иезуиты оказались в трудном положении. В 1758 году ответственность за покушение на жизнь португальского короля Жозе I была возложена на иезуитов. Год спустя "Общество Иисуса" было изгнано из Португалии и ее колоний, а его имущество было конфисковано. Во Франции, где правили Бурбоны, "Общество" было запрещено в 1764 году. Три года спустя Карл III изгнал его из Испании и ее колоний. Затем примеру своего отца Карла последовал король обеих Сицилии Фердинанд IV. Это привело к объединению усилий Бурбонов с целью запретить деятельность иезуитов не только в своих странах, но и во всем мире. В начале 1769 года послы Бурбонов в Риме представили папе совместное обращение с требованием уничтожить орден иезуитов. Наконец, в 1773 году папа Климент XIV распустил "Общество Иисуса", лишившись тем самым одного из самых мощных орудий для проведения папской политики.
Существование таких движений, как галликанство, фебронианство и иосифлянство, а также роспуск ордена иезуитов показывают, что хотя папы и претендовали на неограниченные полномочия, на самом деле они теряли власть и авторитет.
Тридентский собор безоговорочно осудил взгляды Лютера и Кальвина в вопросе о благодати и предопределении, однако многие опасались, что такая крайняя форма противодействия протестантизму может привести к отрицанию учения св. Августина. В результате среди католиков возникла полемика о смысле благодати и предопределения.
Позднее в XVI веке иезуиты Саламанкского университета под руководством Луиса де Молина пришли к убеждению, что предопределение основывается на Божьем предвидении. Доминиканец Доминго Баньес, один из лучших католических богословов того времени, в ответ на это заявил, что такие взгляды противоречат учению Августина и, следовательно, заслуживают осуждения. Обе стороны выдвинули обвинения друг против друга перед испанской инквизицией, причем иезуиты утверждали, что доминиканцы – кальвинисты, а доминиканцы называли иезуитов пелагианами. Инквизиция передала дело на рассмотрение в Рим, и папа после долгих колебаний принял простое решение, признав оба обвинения не соответствующими действительности и предписав оппонентам впредь воздерживаться от взаимных нападок.
Аналогичная полемика в Лувенском университете получила более широкий резонанс. Мишель Бай выдвинул тезисы, близкие к учению Августина, и заявил, что греховная воля не может произвести ничего хорошего. В 1567 году папа Пий V осудил семьдесят девять положений, извлеченных из сочинений Бая. Тот отрекся от них, но продолжал проповедовать весьма схожее с ними учение. Когда с критикой Бая выступил один из богословов-иезуитов, преподаватели Лувенского университета обвинили его в пелагианстве. Пытаясь успокоить умы, снова вмешался папа. Но богословские взгляды Бая продолжали распространяться в Лувене и вновь всплыли шесть десятилетий спустя в 1640 году в работе Корнелия Янсения. Его изданная посмертно книга "Августин" не претендовала ни на что, кроме исследования и изложения учений великого богослова о благодати и предопределении. Но то, что Янсений раскрыл у Августина, слишком походило на учения Кальвина, и в 1643 году папа Урбан VIII осудил его тезисы.
Но на этом полемика не закончилась. Во Франции факел янсенизма принял Жан Дювержье, более известный как аббат Сен-Сиран, поскольку под этим именем он был аббатом одного из монастырей и так его звали монахини аббатства Пор-Рояль. Аббатство Пор-Рояль под руководством матери Анжелики стало центром благочестия и реформ, а Сен-Сиран был хорошо известен как ведущая фигура в этом движении. Ришелье бросил его в тюрьму, так как опасался, что религиозное рвение этих реформаторов может затруднить осуществление его политической программы. Выйдя на свободу в 1643 году, в том же году, когда подверглись осуждению тезисы его покойного друга Янсения, Сен-Сиран стал поборником янсенизма, сделав его центром аббатство Пор-Рояль. Но теперь янсенизм был уже не столько учением о благодати и предопределении, сколько движением за коренные религиозные реформы. Иезуиты выдвинули теорию "пробабилизма", согласно которой вероятность, пусть даже самая малая, что то или иное действие правильно, делает его с моральной точки зрения оправданным. В глазах французских янсенистов это выглядело нравственным индифферентизмом, и они пропагандировали строжайшую самодисциплину и строгость жизни – о монахинях Пор-Рояля говорили, что они "чисты, как ангелы, и горды, как бесы".