Когда на исторической сцене появился Лжедмитрий І, первый Патриарх Московский Иов твердо выступил против него. Он предал его анафеме и в своих посланиях доказывал, что Лжедмитрий – беглый чудовский монах Гришка Отрепьев. Заняв московский престол, самозванец свел Иова с патриаршества и отправил его в Старицу, где тот и умер 19 июня 1607 года. Формально Иов оставался главой Руськой церкви, но в 1605 году Лжедмитрий самостоятельно избрал нового патриарха. Им стал архиепископ Рязанский Игнатий, родом грек, до приезда в Московию занимавший епископскую кафедру на Кипре. Он признал Лжедмитрия царевичем и был лояльно расположен к католичеству. После свержения Лжедмитрия Игнатий был лишен сана и сослан в Чудов монастырь. Новым патриархом избрали митрополита Казанского Гермогена, который при Лжедмитрии был членом учрежденного царем сената и наиболее последовательно ему противостоял. Поговаривают, что поляки посадили патриарха под стражу и заточили в Чудовом монастыре, где он принял мучительную смерть от голода в 1612 году. В течение семи лет Руськая церковь оставалась без патриарха. В 1619 годуиз польского плена возвратился митрополит Филарет, отец вновь избранного царя Михаила Романова. Находившийся тогда в столице патриарх Иерусалимский Феофан IV рукоположил его в сан патриарха Московского. Воцарение Михаила Романова и интронизация патриарха знаменовали восстановление Московского царства.
Титул Киевского патерика. Гравюра, 1661 г.
Избрание Никона после смерти патриарха Иосифа в 1652 году ознаменовалось расколом в московском православии и противостоянием царя Алексея и патриарха Никона. В 1658 году Никон удалился в Новый Иерусалим; в 1664-м он попытался вернуться в Москву, но был отправлен обратно. Собор 1667–1668 годов, подтвердил никоновские реформы, и в то же время снял с их инициатора патриарший сан, причем главным обвинителем на соборе выступил сам царь. На соборе избрали патриархом Иоасафа ІІ. Его избрание ознаменовалась выступлением Стеньки Разина. После смерти патриарха Адриана в 1700 году царь Петр І своей волей поставил во главе управления церковью митрополита Рязанского Стефана Яворского с титулом местоблюстителя патриаршего престола, фактически упразднив институт патриаршества. Петр рассматривал церковь исключительно как институт правительственный, поэтому власть патриарха он впоследствии заменил Духовной коллегией (Святейший Правительствующий Синод), превратив церковь в один из государственных департаментов, находившихся под неусыпным контролем со стороны монарха. Вплоть до 1917 года Святейший Синод оставался высшим церковным и правительственным учреждением в России.
Восстановление патриаршества произошло после Февральской революции 1917 года. Святейший Синод обратился к архипастырям и пастырям Российской империи с посланием, в котором говорилось, что при изменившемся государственном строе
После смерти патриарха Пимена (1970–1990) был избран Алексий ІІ. Через год прекратил существование Советский Союз. Наступили новые смутные времена, которые не прекращаются до сих пор…