Получив рекомендательные письма Хмельницкого и Выговского, он принял от митрополита Гедеона хиротонию 8 марта 1657 года в Яссах. В то время был еще жив старый черниговский епископ Зосима (Прокопович). Баранович, поселившись в Новгород-Северском Спасо-Преображенском монастыре, развернул активную издательскую деятельность и еще два года, вместе с Зосимой, вплоть до его смерти, руководил Черниговской епархией. С перерывами в 28 лет был местоблюстителем Киевской митрополии и, учитывая тяжелое время Руины, мог как-то влиять на события. Его кандидатура выносилась на избрание в митрополиты Киевские, но постоянно выбирали кого-то другого. Часто бывая в Москве, не отказываясь от подарков и привилегий, он вел себя так пордуманно, что долго царь и московские владыки не могли разгадать игру влиятельного иерарха. Во всяком случае Баранович, привыкший к королевским милостям, в 1660 году просит Москву дать ему подтверждение на Черниговское епископство. Там только этого и ждали и грамоту дали, а в ней написали, что он
Архиепископ Баранович мог повлиять на выборы нового киевского митрополита. Из Москвы поступило указание, которое требовало, чтобы украинское духовенство было бы поставлено под «благословение», то есть в зависимость от патриарха Московского, но владыка мастерски обошел претензии заезжих воевод. Митрополитом был избран, не без интриг Барановича, Дионисий Балабан, епископ Луцкий, настроенный совсем не в пользу Москвы. Он, в знак благодарности за поддержку, уступил черниговскому владыке три подведомственные ему протопопии, но, самое главное, признал его епархию подчиненной исключительно только патриарху Константинопольському. Однако воеводы, подстегиваемые из Москвы, не хотели признавать Дионисия. Так, в феврале 1658 года окольничий Хитрово, в Переяславе, оставшись вдвоем с Балабаном, расспрашивал его, как тот стал митрополитом и
А после Андрусовского мира восточный сосед прекратил ставить вопросы о Киевской митрополии. И тут победила проницательность епископа Лазаря, предполагавшего, что при отходе Киева к Польше Чернигов становится центром церковного управления, и добившегося от Собора объявления его епархии архиепископией.
В 1668 году на митрополичий киевский престол сел искренний патриот Украины Иосиф Нелюбович-Тукальский, получивший благословение от патриарха Константинопольского. Он отказывался от всего, что связывало его с Москвой. В церквях поминали не царя Алексея, а гетмана Петра Дорошенко. Но это продолжалось недолго. После смерти в 1675 году Тукальского в очередной раз на 10 лет местоблюстителем стал архиепископ Лазарь. Способный всё улаживать Баранович очень много полезного сделал для Украины. Так, были убраны из украинских городов московские воеводы, решения принимались в пользу казаков и их ходатайств и многое другое. Приводил он к присяге и гетманов. Но когда в 1685 году митрополитом Киевским стал властный, не признающий авторитеты Гедеон Четвертинский, влияние Барановича значительно уменьшилось, да и годы брали свое.
Важнейшей заслугой Лазаря Барановича стало книгопечатание. Он устроил типографии в Новгород-Северском и Чернигове. Он был первым, кто обратил внимание на дар Дмитрия Ростовского. Тот в свою очередь чрезвычайно уважал Барановича и называл его «большим столбом церкви». Проповеди Лазаря собирали множество слушателей. В них он разоблачал проделки латинян, униатов и других отступников православия.