Перед его отъездом Эмилия сказала:
Богоматерь с младенцем. Фрагмент. Худ. М. А., Врубель 1885 г.
Образ Э. Праховой был воплощен в лике Богоматери. В связи с этим в адрес Врубеля нередко звучали возмущенные реплики – как можно молиться живой женщине, которая тут, рядом? М. В. Нестеров, который сам использовал черты старшей дочери Праховой Елены в образе Святой Варвары, вообще ничего не упоминает о сходстве, хотя от работы Врубеля он был в восторге. (Кстати, Елена стала моделью также для знаменитой врубелевской «Царевны Лебеди»). Вот что Михаил Васильевич пишет в письме родным в 1891 году:
По возвращении в Киев в 1886 году Врубель узнал, что Прахов пригласил работать над росписями Владимирского собора Васнецова, Нестерова, Котарбинского и Сведомского, а не его. Это было сделано обосновано, так как разработки Врубеля диссонировали с работами других мастеров, и это бы нарушило художественную цельность всего собора. Михаилу Александровичу предложили расписать лестницу на хоры, но это его оскорбило. Несмотря ни на что, он продолжил писать многочисленные эскизы росписей собора. Кроме того, создал «Моление о чаше» для церкви в имении Тарновских под Киевом. Врубелю все-таки удалось поработать во Владимирском соборе, но лишь над несколькими орнаментами. Эскизы к росписям Владимирского собора стали высшим достижением мастера в киевский период его творчества. Среди них – четыре варианта «Надгробного плача», а также «Вознесение».
В Киеве у художника стали проявляться первые признаки душевной болезни: агрессивность сменяется меланхолией, и так по нескольку раз в сутки. Как-то он сказал друзьям, что срочно уезжает на похороны своего отца, а через два дня после его отъезда «покойник» наведался в гости к сыну. Осенью 1889 года художник переехал в Москву, где познакомился со знаменитым купцом и меценатом Саввой Мамонтовым, который буквально завалил его заказами. В 1895 году в частном оперном театре Мамонтова он встретил талантливую оперную певицу Надежду Забелу, ставшую через год его супругой. А в 1901 году у супругов Врубель родился сын Савва.
В мае 1903 года Врубели с сыном отправились в Киевскую губернию, в имение В. В. фон Мекка, одного из богатых поклонников Врубеля, который приобрел «Демона». Они доехали до Киева и остановились в гостинице. Неожиданно заболел ребенок. Через два дня его не стало. Все заботы о похоронах взял на себя Врубель, он вышел из апатичной неподвижности, старался быть бодрым и поддержать жену. Похоронив на киевском кладбище сына, Врубели все-таки поехали в имение фон Мекка. Пробыли там недолго: уже через несколько дней у художника снова начались приступы душевной болезни.