Надеялся на поддержку администратора и уполномоченный официал униатского митрополита Поция некто Антоний Грекович. Незадолго до этого он был замешан в каком-то позорном деле. От наказания спас и защитил Поций, а теперь поручил ему же отнять у православных церкви и монастыри. Столкнувшись с упорным сопротивлением духовенства и населения, Грекович успел, правда со сложностями, завладеть Выдубицким монастырем, и на этом его пагубная деятельность завершилась. И вот с назначением решительного Жолкевского униат решился на активные действия. В воскресенье, на первой неделе великого поста, в 1610 году, когда все приходские священники города собрались для совершения собором церковной службы в храме Св. Софии, туда явился с конвоем Грекович. Он предъявил грамоту Поция, назначавшую его митрополичьим наместником и, когда духовенство не согласилось с этим, просто выгнал их из храма, принял его и опечатал.
Среди выгнанных были войт Яцко Балыка, бурмистры Матвей Мачоха и Денис Мартынович, а также другие члены магистрата. Они с возмущением и угрозами удалились из церкви и заявили, что город не признает Грековича. Вечером толпа возмущенных горожан собралась у Выдубицкого монастыря. Один из казаков выстрелил из мушкета в наместника, но промахнулся. Еле-еле униат спасся в зарослях у Днепра. Духовенство, магистрат, православные миряне и казаки, проживающие в Киевском воеводстве, подали на Грековича жалобу в суд о насилии и буйстве в церкви. Со своей стороны Поций жаловался на духовенство и членов магистрата за самоуправство, подстрекательство к бунту и предъявлял письмо от казацкого атамана Григория Тискиневича, который угрожал Грековичу:
После занятия униатами Св. Софии православные были лишены соборной церкви; желая восполнить эту потерю, магистрат решил возродить древнюю церковь Успения Пресвятой Богородицы, каменные развалины которой находились на рынке – в 1482-м ее сожгли татары. Магистрат, цехи, купцы, «посполитые» приняли участие в ее восстановлении: собрали деньги и усердно принялись за дело под руководством архитектора, итальянца Себастьяна Брачи, давно жившего в Киеве. Его дочь была замужем за Богданом – сыном Яцка Балыки, а ее брат был «дозорцем, упрошенный со всего места». Православным так хотелось иметь свой собор, что, начавшиеся 13 мая, строительство было закончено 1 октября 1613 года. Войт Ходыка совершенно устранился от общегородского дела и не переставал хлопотать о постройке замка. Лишь после трех лет усилий, благодаря беспрестанным настояниям воеводы сумел, наконец, начать. В 1616-м под его руководством принялись планировать гору Уздыхальницу, возвышающуюся над замком. Теперь ее остатки мы видим справа, когда спускаемся по Андреевскому спуску.
Вскоре Ходыка отказался от должности войта. В 1618 году Жолкевский стал канцлером, а вместо него воеводой более мягкий и снисходительный Фома Замойский. В том же году Киев взял под свое покровительство православный гетман – Петр Сагайдачный. Прошли новые выборы, и войтом стал Семен Мелешкевич. Вот тут место для Федора не нашлось, так как городом правил народ, представителем которого и был войт.
После смерти гетмана на православный народ началось давление со стороны правительства и клерикальных кругов. Тут и появляется Ходыка в прежней роли войта – пособника и рачителя правительственных забот о распространении унии. Имеется жалоба на киевских мещан войта Ходыки о том, что они уклоняются