Тогда, не слушая более никаких возражений, Наполеон приказал вернуть паспорта кардиналу Байану и начать вторжение в Римское государство. Как и с Испанией, в душе он пришел к окончательному решению: оставить папу в Ватикане с богатым доходом и исключительно духовной властью и лишить его мирского суверенитета в Центральной Италии. Однако, готовясь через два-три месяца, то есть незадолго до праздника Пасхи, иметь дело с испанцами, Наполеон не хотел давать фанатичному народу не только политического, но и религиозного повода к возмущению. Поэтому он задумал пока оккупировать только Рим и провинции на побережье Средиземного моря, подобно тому как приказывал ранее оккупировать провинции на Адриатическом побережье. Генерал-губернатору Тосканы было велено собрать 2500 человек в Перудже, генералу Лемаруа – направить столько же людей на Фолиньо, генералу Миолису – возглавить эти две бригады, выдвинуться на Рим, подобрать по пути колонну в 3 тысячи человек, отправленную Жозефом из Террачины, и вступить с этими 8 тысячами солдат в столицу христианского мира. Генерал Миолис должен был мирно или силой занять замок Святого Ангела, принять командование папскими войсками, оставить папу в Ватикане с почетной гвардией, не вмешиваться в управление и заявить лишь, что пришел занять Рим на довольно продолжительное время в чисто военных целях и для удаления от Римского государства врагов Франции. Он должен был завладеть только полицией и использовать ее, чтобы изгнать всех разбойников, превративших Рим в свое логово, выслать неаполитанских кардиналов в Неаполь и изъять из государственных касс необходимые средства для содержания французских войск.
Знаменитый Миолис, старый солдат Республики, соединявший с несгибаемым характером ум, образование, высочайшую честность и навык ведения переговоров с итальянскими принцами, как никто другой подходил для выполнения этой трудной миссии при сохранении должного уважения к главе христианского мира. Наполеон назначил ему значительное содержание, приказав держать большой дом и приучать римлян видеть подлинного главу правительства во французском генерале, водворившемся в замке Святого Ангела, а не в понтифике, оставленном в Ватикане.
Вторжение в Португалию привлекло к Гибралтару английские войска из Алессандрии и с Сицилии. На Сицилии, для сохранения этого осколка короны, осталось в распоряжении их несчастной жертвы, королевы Каролины, не более 7–8 тысяч англичан. Представился удобный случай подготовить экспедицию против этого острова и воспользоваться соединением французских флотов в Средиземном море для ее перевозки. Наполеон приказал адмиралу Розили, командующему французским флотом Кадиса, и адмиралу Альману, командующему прекрасной дивизией Рошфора, поднять якорь при первой благоприятной возможности и присоединиться к Тулонской дивизии. Он добился, чтобы такой же приказ был отдан и испанской дивизии Картахены под командованием адмирала Вальдеса. В случае если все эти присоединения осуществятся благополучно, Наполеон предполагал получить в Тулоне более двадцати кораблей под командованием адмирала Гантома. С присоединением одной только эскадры Рошфора, наиболее вероятным и наиболее желательным, он имел бы достаточно кораблей для перевозки армии на Сицилию и снабжения Корфу, второй и не менее важной цели экспедиции. Поэтому он приказал адмиралу Гантому собрать в Тулоне корабли и погрузить на них значительное количество припасов всякого рода, таких как зерно, сухари, порох, снаряды, лафеты, орудия, дабы доставить этот груз на Корфу, каков бы ни был успех операции против Сицилии.
Наполеон предписал Жозефу собрать в Байи 8–9 тысяч человек в полном вооружении и в Шиле, напротив маяка Капо Ферро, еще 7–8 тысяч, с множеством фелюг и лодок, годных для переправы через узкий пролив, отделяющий Сицилию от Калабрии. Он хотел, чтобы всё было готово к прибытию адмирала Гантома, который смог бы погрузить 8–9 тысяч из Байи и перевезти их за двадцать четыре часа к северу от маяка, куда подойдут и 7–8 тысяч человек, собранные в Шиле. Эти 15–16 тысяч должны были захватить маяк, вооружить его артиллерией, вооружить равным образом форт Шилы и, завладев этими двумя пунктами, запирающими пролив, сделаться его хозяевами. При достижении такого результата ни один английский солдат не осмелился бы более оставаться на Сицилии.
Но это смелое предприятие предполагало, что неоднократно повторявшиеся приказы Наполеона относительно Шилы и Реджо, двух пунктов, которыми англичане еще владели на побережье Калабрии, будут выполнены. Наполеон не раз выказывал Жозефу свое негодование из-за того, что при армии более чем в 40 тысяч человек тот терпит присутствие англичан на материковой Италии. «Это позор, – писал император брату, – что англичане еще могут противостоять нам на суше. Я не хочу, чтобы вы мне писали прежде, чем этот позор будет исправлен;
а если этого вскоре не случится, я пошлю одного из своих генералов заменить вас в командовании армией в Неаполе».