Каковы могли быть верования этого своеобразного ума? Его противники утверждали, что он вовсе не христианин. В одном послании ко всему духовенству и всем правоверным папа Григорий IX писал: „Этот «царь пагубы», как мы можем доказать, открыто заявляет, что мир был обольщен тремя обманщиками: Иисусом Христом, Моисеем и Магометом, и двое из них умерли в почете, третий — на кресте. Мало того, он утверждает, что только дураки могут верить, будто девственница могла родить от Бога, творца вселенной, он говорит, наконец, что человек должен верить только тому, что может быть доказано силой вещей или здравым смыслом“. Один из папских агентов, Альбрехт Чех, упрекает Фридриха в том, будто он верит, что душа погибает вместе с телом.
Ничто не доказывает, чтобы император заходил так далеко в своем скептицизме и неверии. Напротив, он часто заявлял о своем благочестии и, чтобы подтвердить эти уверения, жестоко преследовал еретиков, как в Италии, так и в Германии. Он издал несколько эдиктов против них; особенно суров был эдикт, изданный им в Равенне в 1232 г. Но, несмотря на все эти признаки религиозного усердия, многие места его переписки свидетельствуют о глубоком неверии. Думал ли он, как не раз утверждали, об основании независимой церкви под своим главенством? Весьма возможно. В 1227 году он указывает на то, что „основами первоначальной церкви были бедность и простота“. Он порицает духовенство за его роскошную жизнь и богатства и во время борьбы с папством берет на себя роль руководителя реформой церкви: „Помогите нам, — пишет он, — против этих гордых прелатов, чтобы мы могли укрепить нашу мать, св. церковь, дав ей более достойных руководителей, и чтобы мы могли, как требует наш долг, преобразовать ее на благо ей и во славу Божию“. Он завидует тем странам, где государи являются и духовными главами или где они имеют неограниченную власть над священнослужителями: „Счастлива Азия, — пишет он греческому императору Ватацису, — счастливы самодержцы Востока, которым нечего бояться ни оружия своих подданных, ни козней своих первосвященников“. Задумал ли он, под влиянием любимой им арабской культуры, сделаться в христианском мире повелителем верующих?..»
Однако же, несмотря на все свое восхищение просветителями Востока, Фридрих II принял крест для участия в Пятом крестовом походе. В него император Священной Римской империи, как известно, по стечению обстоятельств так и не отправился, а поход завершился неудачей. Сразу после его окончания король Иерусалимского королевства Иоанн де Бриенн отправился в Рим в поисках поддержки Запада. Папа Гонорий III предложил ему неожиданный выход — выдать его дочь Изабеллу за императора Фридриха II. Таким образом будет гарантирована помощь империи Святой земле. Иоанн оценил выгоды такого брака и согласился. Не было возражений против плана папы римского и у потенциального жениха. Напротив, он увидел в нем возможность претворить, наконец, в жизнь намерение своего отца, Генриха VI — присоединить христианский Восток к Римской империи.
А папа, не теряя времени, решил объявить подготовку к новому крестовому походу. Однако назначенный для этой цели собор в Вероне в 1222 году так и не собрался. Состоялся он только спустя год в Ферентино. Выступление же сочли возможным начать не ранее июня 1225-го. Фридриха, впрочем, в тот момент больше интересовала свадьба, так как этот же собор постановил, что будущие завоеванные земли войдут в состав Иерусалимского королевства. Тут уж, как говорится, личные интересы вплотную переплелись и с государственными, и с церковными. Император и папа повели широкомасштабную пропаганду похода. Но, когда подошел намеченный срок, согласившихся принять в нем участие оказалось слишком мало. К тому же у Фридриха возникли очередные затруднения в Сицилии, королем которой он являлся с двухлетнего возраста.
Император запросил у папы отсрочки в отправке ополчения. Он поклялся, что уж к осени 1227 года поход состоится точно. Фридрих дал папе слово в течение двух лет содержать за свой счет более тысячи воинов и подготовить 150 кораблей для перевозки крестоносцев в Святую землю. Кроме того, он обещал выделить на войну с неверными 100 тысяч унций золота. Они предназначались нынешнему иерусалимскому королю, патриарху Александрии и магистру Тевтонского ордена для покрытия расходов на подготовку похода. Если какое-либо из этих условий не будет выполнено, то императора ждали крупные неприятности по линии церкви, вплоть до отлучения. Фридрих вынужден был принять столь жесткий ультиматум, радуясь уже тому, что получил двухлетнюю передышку для разрешения собственных проблем.