Неожиданно во время родов 25 апреля 1228 года умирает юная Изабелла, успев только произвести на свет наследника Иерусалимского королевства Конрада. Фридрих, тем не менее, теперь уже завершил вынужденно прерванные приготовления к походу и через месяц во главе небольшой армии отплыл из Бриндизи. Кстати, переносы начала экспедиции стоили ему потери весьма воинственных союзников. Грузины, которые через своих монахов в Иерусалиме имели постоянные контакты с латинянами в Сирии, неоднократно отправлялись на защиту Гроба Господня. На этот раз султан Хорезма Джелал аддин в 1226 году разгромил их отряды. А так как он уже захватил Иран и Азербайджан, грузины вынуждены были вернуться на родину и сконцентрировать силы на защите собственного государства.
Папа Григорий IX не пожелал учесть стечения непростых для Фридриха обстоятельств и даже не стал слушать объяснений его посланца. В порыве негодования он отлучил ослушника от церкви. Конечно, задержка похода стала для этого лишь формальным поводом. Причина кроется значительно глубже и прежде всего — в бесконечном соперничестве за светскую власть. Извещая христианский мир об отлучении правителя Священной Римской империи, папа собрал вместе все реальные и мнимые претензии церкви. Послание, казалось, источало яд, который не оставит императора в живых. Григорий беспардонно искажал факты, утверждая, например, что Фридрих умышленно уморил голодом крестоносцев под Бриндизи и допустил распространение смертоносной заразы. Все это с одной целью — оттянуть начало похода или вообще его сорвать. Болезнь же самого императора — не что иное, как симуляция, которую может позволить себе лишь изменник веры Христовой…
К чести монарха, он спокойно и с достоинством отнесся ко всем обвинениям, парируя их одно за другим. Не вступая в излишнюю полемику, император твердо заявил, что поход, безусловно, состоится. И, как мы уже говорили, несмотря на тяжелую утрату — кончину юной супруги — вскоре, не выпрашивая новых отсрочек, оказался на военном корабле, следующем на Восток.
Так 28 июня 1228 года во главе небольшой армии Фридрих II начал свой крестовый поход. По пути в Сирию император зашел на остров Кипр, поскольку считал, что он, как король Иерусалима, имеет на остров свои права. Кипрское королевство было пожаловано Генрихом VI Амори де Лузиньяну в 1197 году, когда тот стал королем Иерусалима, вступив в брак с Изабеллой I Иерусалимской.
Во время захода императора Священной Римской империи Кипром формально правил малолетний Генрих I де Лузиньян. Регентом при нем состоял Иоанн Ибелин, владетель Бейрута и правитель Сидона. В свое время, в 1225 году, Фридриху в этом регентстве отказали. Поэтому сейчас, бросив якоря у Лимассола, он решил действовать силой. Любезно пригласив Ибелина на прием, император после обильного пира арестовал его. Фридрих выдвинул ультиматум: опекунство над несовершеннолетним Генрихом он принимает на себя, а заодно и все доходы королевства. Не согласиться с таким требованием регент не мог себе позволить, слишком неравны были силы. Пришлось ему признать власть императора над Кипром, а самому отправиться в ссылку на север острова, в замок Святого Иллариона, что расположился высоко в горах.
Здесь же, на Кипре, крестовое ополчение пополнилось подоспевшими отрядами. Командовал ими князь Антиохии и граф Триполи Боэмунд IV Одноглазый. В скором времени объединенные войска крестоносцев отплыли на материк продолжать начатый поход. Логично было бы ожидать одобрения папы или хотя бы его успокоения. Но вслед Фридриху неслись лишь проклятия и призывы к неповиновению. Разбушевавшийся понтифик называл императора слугой Магомета, не крестоносцем, а разбойником, которому не должен помогать ни один человек, почитающий Бога.
А поддержка восточных христиан была крестоносцам необходима. Однако несдержанный и мстительный Григорий IX и им переслал акт императорского отлучения с прямым запретом ему повиноваться и помогать. Папа планомерно и хладнокровно перекрывал кислород вождю Христова воинства, вязал его по рукам и ногам. Нужно было быть большим оптимистом, чтобы в таких обстоятельствах рассчитывать на успех похода. Однако императору необходимо было действовать решительно. С неимоверными трудностями преодолев недоверие магистров рыцарских орденов, а также патриарха иерусалимского, которые получили из Рима акт отлучения его от церкви, Фридрих убедил их, что пришел «во имя Бога и христианства». Его ополчение стало получать поддержку. В первую очередь, командующий решил укрепить Яффу, один из главных портов Израиля. Считается, что именно в нем, входившем в число древнейших городов мира, Ной построил свой ковчег. Здесь же было явлено видение апостолу Петру и Персей освободил Андромеду, отсюда отправился в путь пророк Иона… В этом легендарном месте Фридрих и запланировал разбить лагерь для наступления на Иерусалим. Однако, прибыв в Акру в сентябре 1228 года, император вступает с мусульманами… отнюдь не в битву, а в переговоры о возвращении христианам отнятых святых мест.