Проповедование крестового похода продолжалось во всех христианских государствах. Хотя Франция была занята войною с альбигойцами и король Людовик VII находился в распре с Генрихом III, во всех провинциях Франции народ поклялся идти биться с неверными за морем; такое же рвение выказал народ и в Англии, где разные небесные явления, принятые народом за чудесные знамения, содействовали успеху красноречия духовных ораторов. Лучшие провинции Италии, хотя и находившиеся в то время под влиянием иного энтузиазма – не крестовых походов, а свободы, – тем не менее, выставили многочисленных воинов в армию Иисуса Христа. В Германии ландграф Тюрингский и герцоги Австрийский и Баварский приняли крест, и пример их увлек высшее сословие и народ. Все крестоносцы должны были соединиться в Бриндизи, где ожидал их флот, готовый к отплытию на Восток.
Однако же Фридрих не без страха смотрел на участь своего владычества в Италии; он опасался намерений ломбардских республик и даже римского двора, который с беспокойством смотрел на германцев, занимающих сицилийский трон; он попросил у папы позволения отложить на два года исполнение своего обета; папа с трудом согласился на это. Еще одно обстоятельство содействовало нарушению согласия, существующего между вождями священной войны. Между Фридрихом и королем Иоанном возникли сильные споры; папа Гонорий III употребил все усилия, чтобы восстановить мир и согласие и уничтожить все препятствия, представлявшиеся к отъезду крестоносцев; но первосвященник умер, не дождавшись начала войны, знамя которой он поднял и на которую он смотрел как на славу своего царствования. Преемник его Григорий IX обладал такою же твердостью и добродетелью и был так же деятелен, как и Иннокентий III. Как только он возложил на себя тиару, то все свои мысли сосредоточил на крестовом походе. Отсрочка, данная Фридриху, теперь кончилась, и пилигримы, прибывшие из различных местностей Европы, собрались в Бриндизи.
Папа именем Иисуса Христа увещевал императора ускорить свой отъезд; каждый день прибывали из-за моря христиане, чтобы умолять верующих о помощи. Европа, казалось, с нетерпением ожидала отъезда крестоносцев. Фридрих, не смея больше откладывать, подал сигнал к отъезду; во всей империи начались молебствия об успехе его благочестивого странствия. Но армия, которою он предводительствовал, подверглась эпидемическим болезням, и сам он, казалось, не был тверд в своем решении. Едва только вышел флот из порта Бриндизи, как был рассеян бурею; император заболел и, опасаясь за свою жизнь и, может быть, также за империю и королевство Сицилию, вдруг отказался от своего отдаленного предприятия и высадился на берег в порту Отрантском.
Григорий отпраздновал отъезд Фридриха как торжество церкви, на возвращение же он взглянул как на возмущение против святого престола. Император отправил к папе послов, чтобы оправдать перед ним свой образ действий. Папа отвечал ему проклятиями; он обратился ко всем верующим и представил им Фридриха как безбожного государя и клятвопреступника. В защитительном слове, обращенном ко всем христианским государствам, раздраженный император жаловался на превышение власти святым престолом и выставлял в самом недостойном виде политику и намерения римского двора.
До сих пор внимание всей Европы было обращено к крестовому походу; теперь другое зрелище должно было представиться ее взорам – печальное зрелище открытой войны между главою церкви и главою христианской империи. Фридрих, чтобы отомстить за отлучение от церкви, которому он подвергся, привлек на свою сторону все римское высшее сословие, которое вооружилось, нанесло оскорбления папе у подножия алтаря и принудило его бежать; изгнанный из Рима, папа употребил против своего врага страшную власть вселенской церкви и освободил подданных императора от присяги. Это возмущение Фридриха против церкви повергло в глубокое уныние весь христианский мир и в особенности восточных христиан, которые лишались таким образом всякой надежды на помощь. Патриарх Иерусалимский, епископы Кесарийский, Вифлеемский, великие магистры орденов св. Храма, св. Иоанна и Тевтонского ордена обратились со своими соболезнованиями к святому отцу; Григорий снова обратился к верующим с увещанием оказать помощь их братьям в Святой земле, но все христианское общество, погруженное в печаль и уныние, казалось, забыло о Иерусалиме.