Христианские колонии, предоставленные самим себе, преданные в жертву всевозможным бедствиям, дошли бы тогда до окончательного падения, если бы Господь не допустил раздоров между мусульманскими князьями. Потомки Саладина и Малик-Адила оспаривали друг у друга обладание Сирией и Египтом. Дело дошло до того, что султан Каирский решился отправить послов к Фридриху и просить его союза и помощи; султан приглашал императора Германского прибыть на Восток и обещал отдать ему Иерусалим. Это обстоятельство побудило Фридриха решиться на продолжение крестового похода. В присутствии народа сицилийского он появился в облачении пилигрима-крестоносца и, не обращаясь к разрешению святого престола, не призывая имени Иисуса Христа, объявил сам о своем отъезде в Сирию.
Когда Фридрих приехал в Палестину, христиане приняли его не как освободителя, но как государя, которого Бог послал им во гневе Своем. Напрасно обещал он им освобождение Гроба Господня – христианский народ отвечал на это мертвым молчанием; на всех лицах выражались печаль и недоверие, и не оглашались церкви молебствиями о даровании победы христианскому оружию. Когда Фридрих выступил во главе крестоносцев из Птолемаиды, иоанниты и тамплиеры отделились от него и следовали за ним издали; воины Креста едва осмеливались произносить имя своего вождя. Фридрих вынужден был убрать знамя империи, и приказы его провозглашались только от имени христианской республики. Султан Каирский, который обещал императору передать ему Иерусалим, удерживаемый страхом других князей мусульманских, а может быть, и надеждою воспользоваться несогласиями, возникшими между франками, сначала колебался и медлил с исполнением своего обещания. Это происходило в ноябре. Переговоры длились всю зиму, и любопытное зрелище представляли эти переговоры между двумя государями, в равной мере подозрительными в глазах тех, чье дело они защищали, и спорящими из-за города, к обладанию которым они были равнодушны. Для султана Каирского в Иерусалиме не было ничего, кроме разрушенных церквей и домов, и Фридрих постоянно повторял, что если он желает водрузить знамя на Голгофе, то только ради того, «чтобы приобрести уважение франков и приподнять свою голову над государями христианского мира». Однако же заключено было перемирие на десять лет, пять месяцев и сорок дней; Малик-Камил предоставлял Фридриху священный город, Вифлеем и все селения, расположенные по дороге в Яффу и Птолемаиду. По условиям договора мусульмане сохранили за собой в священном городе Омарову мечеть и право свободно отправлять свое богослужение. Узнав об условиях перемирия, сарацины, жившие в Иерусалиме, покинули со слезами свои жилища и прокляли египетского султана; христиане же сокрушались об освобождении города, как сокрушались они в прежние времена о его пленении. Епископ Кесарийский наложил интердикт на возвратившиеся во владение христиан Святые места, а патриарх Иудейский отказал пилигримам в позволении посещать Гроб Господень. Никто не сопровождал императора при вступлении его в Иерусалим, кроме немецких баронов и рыцарей Тевтонского ордена. Храм Воскресения Христова, в котором он пожелал короноваться, был обтянут траурной материей; иконы святых и апостолов были также завешены. Фридрих взял свой венец и сам возложил его себе на голову и был провозглашен королем Иерусалимским без всяких религиозных церемоний.
Император пробыл только два дня в священном городе и не позаботился даже о восстановлении его укреплений. Он возвратился в Птолемаиду, где встретил только возмущенных подданных и христиан, стыдящихся его победой над неверными. После своего коронования он написал папе и всем западным государям, что он вновь завоевал Иерусалим без пролития крови и благодаря чудесному содействию Божественного могущества. В то же время патриарх обращался письменно к Григорию IX и ко всем верным христианам с целью обличить нечестие и позор договора, только что заключенного немецким императором. По возвращении в Италию Фридриху пришлось усмирять восставшие против него ломбардские республики и вести войну против тестя своего, Иоанна Бриеннского, вступившего в Апулию во главе папских войск. Одного присутствия императора было достаточно, чтобы рассеять всех его врагов. Однако же Фридриху становилось трудно продолжать долее борьбу с главою церкви; он обратился со смирением к милосердию верховного первосвященника, и, тронутый мольбами победоносного монарха, папа даровал ему мир и признал его королем Иерусалимским.
Эта экспедиция Фридриха II содействовала, без сомнения, ослаблению энтузиазма священных войн. Жестокие распри между папским престолом и империей, примешивавшиеся таким образом к крестовым походам, должны были умалить в представлении верующих все, что в этих войнах было высокого и святого.