Португалия больше не граничила с мусульманами. И португальское отделение ордена Сантьяго выбрало собственного магистра и стало независимым. Национальными португальскими орденами были также Авиш (орден святого Беннета Авишского) и орден Христа, основанный в 1319 году на бывших владениях тамплиеров. Португальские ордена, в том числе и отделение ордена госпитальеров, сражались у реки Саладо в 1340 году, но большую часть времени они были вовлечены в местные политические дела и подчинялись короне, которой, как и в Кастилии, удавалось назначать магистрами принцев королевской крови и других знатных особ, приближенных ко двору. Что же касается португальских госпитальеров, то к 1375 году они уже девять лет не посылали средства на Родос. В 1385 году регент Португалии, незаконнорожденный сын короля Педру I, воспитанный магистром ордена Христа и ставший магистром Авиша, возглавил национальное сопротивление кастильскому вторжению и стал королем Жуаном I (положив начало Авишской династии, правившей Португалией до 1580 года). Когда португальская Реконкиста перекинулась за море, ордена опять на короткое время занялись священной войной. Магистр ордена Христа и приор госпитальеров принимали участие в захвате Сеуты в Марокко в 1415 году. Около 1418 года папа Мартин V назначил губернатором ордена Христа принца Энрике, использовавшего рыцарей ордена и его богатства для географических открытий. В 1443 году папа пожаловал ордену все земли, которые тот сможет захватить в будущем в Марокко, на островах Атлантического океана и в других заморских странах, а в 1457 году Энрике пожаловал ему двадцатую часть доходов Гвинеи. Королевское вмешательство в дела португальских орденов, участие орденов в национальной светской политике, внутренние раздоры, частое назначение принцев королевской крови на управление орденами и их доходами продолжались, но в организуемых папами крестовых экспедициях в Марокко ордена участвовали нечасто. Отряды трех португальских орденов приняли участие в 1437 году в неудавшемся нападении на Танжер, а в 1471 году португальские госпитальеры были среди армии, атаковавшей Арзилу. Все три португальских ордена и португальские госпитальеры отказались в 1456 году от предложения папы организовать постоянные форпосты в Сеуте и держать в них треть своих членов, а в 1467 году папская курия заявила, что португальские ордена не обязаны участвовать в наступательных войнах (это решение вызвало протесты в самой Португалии).
В прибалтийских же регионах Пруссии и Ливонии, разделенных бесконечно оспариваемой полосой земли, немцы с успехом продолжали вести свое продвижение на восток. Борьба с языческими племенами была уже не столь кровавой и ожесточенной, как в XIII веке, особенно в западных областях Пруссии. Тевтонский орден сохранял кое-какие владения в Средиземноморье, в частности в Сицилии и Апулии, а также командорства и вербовочные пункты во Франконии и в Тюрингии, в долине Рейна и в других немецких землях. В отличие от испанских орденов Тевтонский орден не располагался на территории какого-то одного государства. Пруссия и Ливония не входили в состав империи и находились в зоне влияния и императора, и папы, что часто приводило к спорам и противостоянию этих двух властей. Внутри самого ордена велись жаркие споры: братья, находившиеся в Прибалтике, призывали перенести штаб-квартиру на север и сконцентрировать все усилия на борьбе с литовцами, другие же хотели продолжать действия по возвращению Святой Земли. Наконец, в 1309 г. гроссмейстер Зигфрид фон Фейхтванген перенес главный монастырь из Венеции в Пруссию, не спрашивая на то согласия братьев. Его преемник Карл фон Трир был выслан в 1317 году в Германию. В 1324 году в Пруссии был выбран следующий гроссмейстер ордена — Вернер фон Орсельн, и начиная с этого времени резиденцией гроссмейстеров стал огромный замок на берегу реки в Мариенбурге.