В 50-х годах I века в Римской империи Цезарь и Помпеи начали гражданскую войну. Фарнак решил восстановить бывшее царство своего отца и в 49 году до н. э. отправился в Малую Азию возвращать себе понтийский престол. Фарнак II добился значительных успехов, но/2 августа 47 года до н. э. в сражении у города Зелы войско понтийского царя было разгромлено римскими легионами Юлия Цезаря, в донесении Сенату Рима написавшего свои знаменитые слова: «Veni, vidi, vici» – «пришел, увидел, победил». Фарнак вновь подчинился Риму и был отпущен назад в свои крымские земли, где в междоусобной борьбе был убит местным вождем Асандром. Победивший в гражданской войне Юлий Цезарь не принял Асандра и послал Митридата Пергамского занять Боспорское Царство, который не сумел этого сделать и был убит. Асандр женился на дочери Фарнака Динамис в 41 году до н. э. был объявлен боспорским царем. В царстве постепенно восстановился прежний порядок и начался новый экономический подьем. Значительно увеличился экспорт хлеба, рыбы, скота. В Боспор привозили вино в амфорах, оливковое масло, стеклянную, краснолаковую и бронзовую посуду, украшения. Основными торговыми партнерами Боспора стали малоазиатские города южного побережья Черного моря. Боспорское царство торговало с городами Средиземноморья, с Поволжьем и Северным Кавказом.
В 45– 44 году до н. э. Херсонес отправляет в Рим посольство во главе с Г. Юлием Сатиром, в результате которого он получает от Цезаря элевтерию – «хартию свободы» – независимость от Боспорского царства. Херсонес был объявлен свободным городом и стал подчиняться только Риму, однако это продолжалось только до 42 года до н. э., когда, после убийства Цезаря, римский полководец Антоний лишил Херсонес и другие города в восточной части империи элевтерии. Асандр пытается захватить Херсонес, но неудачно. В 25– 24 году до н. э. в Херсонесе вводится новое летоисчисление, обычно связываемое с тем, что новый римский император Август даровал городу права автономии, предоставляемой греческим городам на востоке. В это же время Август признал права Асандра на боспорский трон. Под нажимом Рима начинается очередное сближение Херсонеса и Боспорского царства.
В 16 году до н. э. экономический и политический подъем Боспорского царства вызывает неудовольствие Рима, Асандра вынуждают уйти с политической арены и передать свою власть Динамии, вскоре вышедшей замуж за Скрибония, захватившего власть на Боспоре. Это было не согласовано с империей и Рим послал в Крым понтийского царя Полемона I, который в борьбе со Скрибонием с трудом утвердился на престоле и правил Боспорским царством с 14 до 10 года до н. э.
Новым мужем Динамис и боспорским царем становится Аспург. Известны несколько войн Боспорского царства со скифами и таврами, в результате которых часть их была покорена. Однако в титуле Аспурга при перечислении покоренных народов и племен нет тавров и скифов.
В 38 году римский император Калигула передал боспорский престол Полемону II, который не смог утвердиться на Керченском полуострове, и после смерти Калигулы новый римский император Клавдий в 39 году назначает боспорским царем Митридата VIII, потомка Митридата VI Евпатора. Брат нового боспорского царя Котис, посланный им в Рим, сообщил Клавдию о том, что Митридат VIII готовится к вооруженному мятежу против римской власти. Посланные на Крымский полуостров в 46 году римские войска под командованием легата римской провинции Мезии, существовавшей на территории современных Румынии и Болгарии, А. Дидия Галла свергли Митридата VIII, который после ухода римских войск попробовал вернуть власть, что потребовало новой римской военной экспедиции в Крым. Легионеры Г. Юлия Аквилы, посланные из Малой Азии, разбили отряды Митридата VIII, захватили его и доставили в Рим. Именно тогда, по сообщению Тацита, у южного берега Крыма тавры захватили несколько римских кораблей, возвращавшихся домой.
Новым боспорским царем в 49 году стал сын Аспурга и Фракийской принцессы Котис I, с которого начинается новая Династия, уже не имеющая греческих корней. При Котисе I Начинает восстанавливаться в больших объемах внешняя торговля Боспорского царства. Основными товарами были традиционное для Северного Причерноморья зерно, как местного производства, так и доставлявшееся из Приазовья, а также рыба, скот, кожи и соль. Самым крупным продавцом являлся боспорский царь, а основным покупателем стала Римская империя. Римские торговые корабли имели до двадцати метров в длину и до шести в ширину, осадку до трех метров и водоизмещение до 150 тонн. В трюмах могло помещаться до 700 тонн зерна. Строились и очень большие суда. В Пантикапей привозили для продажи всем племенам Северного Причерноморья оливковое масло, металлы, строительные материалы, стеклянную посуду, светильники, предметы искусства.