Но ярмарки, и в особенности меновые дворы, считались в ту пору очень опасными в санитарном отношении. При каждом меновом дворе устраивался и карантин. Войсковое начальство ревностно следило за тем, чтобы от черкесов через меновые дворы не заносилась зараза. Общественная медицина и врачебная помощь были слабо развиты в то время, и организация медицинской помощи сводилась исключительно к предупредительным мерам против занесения в край чумы, холеры и других эпидемических заболеваний. На всю Черноморию был один только врач. Когда в Черномории появилась чума, то войско должно было обратиться за медицинскими силами в другие места.
Первые сведения о появлении чумы были получены в марте 1796 года от шапаря Ачуевского завода, Дубчака. По тогдашним обыкновениям, он секретно донес начальству, что на рыболовных заводах полковника Бурноса и поручика Паливоды появилась чума и что появление этой болезни произвело потрясающее впечатление на забродчиков, которые разбежались с заводов.
Для расследования появления болезни войсковое начальство послало полковника Гулика и подлекаря Третьякова. На месте появления болезни Гулик и Третьяков нашли только один труп. Других умерших от чумы не удалось отыскать. Оказались также больные с бубонами рабочие. Гулик сжег хату и невода. В это время в Черномории явился по распоряжению Жегулина начальник карантинов Гохфельдт. Были учреждены карантины в Керчи и Темрюке. Тут же установлено было, что заболевания чумой начались на заводе войскового судьи Головатого. Еще на четвертой неделе Поста проходили через завод с Бугаза три забродчика, переночевавшие у казака Волошина. Один из них вскоре умер. На Вербной неделе скоропостижно умерла жена Волошина, затем еще четверо в ее семье. А на самом заводе Головатого умерло 6 человек.
Гохфельдт и врач Шмидт посещали эти места и принимали энергичные меры для прекращения чумы. Но 27 апреля снова умер от чумы солдат в Тамани. Далее чума перебрасывается в селение Вышестеблиевское и город Темрюк. Так, мало-помалу, распространилась болезнь по всей Черномории, причинив громадный урон населенно. Вообще борьба с чумой была непосильной. Врачебных сил было мало; население относилось к принимаемым мерам враждебно, скрывало больных и случаи смерти, продовольственных средств недоставало.
В общем, чума 1796 года на Черномории унесла значительное количество человеческих жертв, и борьба с ней стоила больших средств. Только у разных старшин и казаков было сожжено 75 домов с строениями и имуществом на 30 575 р., 10 рыболовных заводов на 17 531 р. Если прибавить к этому содержание карантинов, разъезды медицинского персонала и лиц, командированных для борьбы с чумой, расходы на медикаменты, громаднейшие убытки от стеснений, соединенных с предупредительными мерами, то в результате должны оказаться очень большие и в высшей степени обременительные затраты на борьбу с чумой и ее прекращение.
Понятно, что и без того бедное население неминуемо должно было еще больше обеднеть, пережив все ужасы этого страшного народного бедствия.
Конечно, тяжелое экономическое положение казачьего населения зависело не от одних бедствий чумной эпидемии. Собранное из разных мест, разрозненное и отчасти разноплеменное войско достаточно бедным перешло на новые земли. Короткий промежуток времени при заселении края, неудачи самого заселения, наметившаяся классовая рознь еще более неблагоприятно влияли на экономический быт черноморцев.
На первых страницах истории этого войска, с точки зрения чисто экономической, нельзя не отметить последнего рода явлений — классовой розни. Процессы внутренней реорганизации войска, в связи с национальным составом его и положением в общем государственном строе, имели решающее значение на дальнейшую судьбу войска. Как известно, преобладающим элементом в войске были малороссы. Хотя в войско вошли также великороссы, поляки, литва, молдаване, татары, греки, немцы, евреи и другие национальности, но представители их оставались в меньшинстве, как бы тонули в общей массе чисто малорусского населения. В зависимости от преобладания малорусских элементов, малорусским характером отличался и склад всего внутреннего быта населения. Черноморцы были православные, говорили все на едином малорусском языке, придерживались малорусских обычаев; праздники, увеселения, семейный уклад, свадебные обряды, бытовые отношения и обстановка — все это носило строго малорусские особенности. Представители других национальностей, в силу необходимости, должны были приспособляться к малорусскому укладу жизни.