Водворение запорожцев на месте поручено было графу Палену, на которого возложено было подробное установление распорядков в войске по внутреннему управлению и судопроизводству, а также по обеспечению казаков амуницией от казны на первое время. Личное участие в деле графа Палена было очень ограничено. Извещая Гладкого о невозможности назначить деньги на непредвиденные расходы, ввиду полной неопределенности их, и об отказе министра финансов войску в вольной продаже вина, граф Пален предложил Гладкому «войти в соглашение» с екатеринославским вице-губернатором как по вопросу о переходе казаков на пожалованную землю, так и о временном водворении их в ближайших казенных селениях.
В декабре 1831 года Государь приказал освободить Дунайский полк от службы во флотилии и водворить его на войсковых землях близ г. Мариуполя. Вскоре затем выработаны были штаты Азовского войска с расходами на них в 9000 р., из которых, в частности, 3100 р. предназначалось на войсковой штаб, 1800 р. на войсковое правление, 1600 р. на полицию и 2500 р. на канцелярию при наказном атамане. Штаты были установлены применительно к проекту, выработанному вице-губернатором Ивановым и одобренному наказным атаманом Гладким.
По этому проекту управление Азовским войском делилось на военную и гражданскую части. Военной частью ведал штаб, а гражданской — войсковое правление, суд и полиция.
В состав войскового правления входили президент, два выборных от чиновников члена, секретарь и писцы.
Войсковой суд составлялся из трех членов, избираемых обществом войсковых чиновников на три года и утверждаемых новороссийским генерал-губернатором. Получивший наибольшее число голосов при выборах член считался председателем суда. Суду подлежали уголовные и гражданские дела в объеме компетенции уездного суда.
Наконец, полиция состояла из двух есаулов — старшего, или полицмейстера, и младшего, или заступающего место полицмейстера, и находилась в распоряжении наказного атамана.
Наказной атаман был главой войска и председательствовал во всех казачьих учреждениях. По суду же он наблюдал за тем, чтобы не задерживались судебные дела. При равенстве голосов в коллегиальных заседаниях решающей признавалась та сторона, на которой был наказной атаман. Если же атаман оставался в меньшинстве, но свое мнение доводил до сведения Государя, то решение приводилось в исполнение в том виде, какой придавал ему атаман.
Проект о штатах по управлению Азовским войском был препровожден в Петербург в военное министерство. В феврале 1832 года управляющий главным военным штабом сообщил новороссийскому генерал-губернатору, что проект положения о водворении запорожских казаков он доложил Государю, который приказал, взамен штаба, войскового правления и полиции, учредить одну войсковую канцелярию, как это ведется в Астраханском войске, на основании положения от 17 мая 1817 года. Вследствие этого, дела гражданские и уголовные подлежали ведению ближайшего Александровского уездного суда, и только дела по воинской дисциплине и правонарушениям разрешались военно-судной комиссией. Вообще в ведении этой комиссии находились все дела и проступки военно-служащих казаков. По штату же Астраханского казачьего войска в состав войсковой канцелярии входили председатель, наказной атаман, один непременный член, три асессора, секретарь и канцелярские служители, при общем расходе на канцелярию 4000 рублей в год.
Применительно к отмеченному выше указанию Государя, выработано было потом «положение о водворении запорожских казаков в Новороссийском крае», Высочайше утвержденное 27 мая 1832 года. В июне того же года положение это было препровождено к Гладкому и ему приказано было организовать войсковую канцелярию, принять от гражданского ведомства посад Петровский, мещане которого были обращены в казаков, и приступить к устройству двух селений для казаков. В проект вошли все прежние положения об устройстве запорожских казаков, с очень немногими изменениями. Важнейшим нововведением в проекте было обращение 238 душ мещан посада Петровского в казаков. Вместе с посадом в войско перешли 4000 десятин принадлежавшей посаду земли, рыбные заводы и камышовые плавни. Благодаря этому казаки имели свободный доступ к морю и рыболовным водам и были обеспечены камышом как топливом и строительным материалом. Обмундирование казаков, покупка лошадей, в случае нужды, и фураж для них на счет казны обеспечены были войску по новому положению на целое десятилетие. Точно так же, взамен вольной продажи вина, войску предоставлено было право получать вырученные с откупов доходы.