Знание потенциально присутствует в душе ученика, но оно становится актуальным лишь через посредство обучения, благодаря активному воздействию на ученика учителя, который носит знание в своем уме. Но возникает вопрос: каким образом знание пришло к первому учителю? На этот вопрос философы отвечают, что он приобрел знание своими собственными силами путем самостоятельного размышления, теологи же учат, что он получил знание путем пророческого озарения. «Чистые братья» также разделяют мнение, что существуют различные пути, посредством которых может быть достигнуто знание. Дело в том, что из посредствующего положения души между двумя мирами, телесным и духовным, следует, что могут быть три способа, или источника, познания. Посредством ощущений душа познает то, что находится под ней, и путем логических выводов она познает то, что выше ее, и, наконец, она познает самое себя путем непосредственной интуиции и разумного рассуждения. Из этих трех видов познания самым надежным является самопознание. Когда человеческое познание пытается идти дальше этого, оно бывает ограниченным во многих отношениях. Поэтому не следует философствовать о таких вещах, как происхождение или вечность мира. Чистого познания высшей истины душа достигает через отречение от мира и праведную жизнь.
В энциклопедии говорится, что сначала следует давать религиозное воспитание и обучать доктринам религии, а также таким светским наукам, как грамматика, поэтика и история, и только после этого приступать к изучению философии, причем последнее надо начинать с изучения математики.
В математике у «чистых братьев» видное место занимает пифагорейская и индийская числовая мистика. Говорится, что вещи образованы по образу соответствующих им чисел, что, например, единица есть абсолютный принцип всякого бытия и мышления. О теории чисел говорится как о божественной мудрости: наука о числе есть начало, середина и конец всей философии. Геометрия, оперирующая с наглядными фигурами, подготовляет к арифметике, которая есть истинная и чистая наука; назначение и геометрии, и арифметики в том, чтобы поднимать душу от чувственного мира к духовному.
Далее говорится, что математика ведет душу к познанию звезд. И эта область знания у «чистых братьев» пропитана мистикой. Звезды не только предсказывают будущее, но и влияют на все, что происходит на Земле, счастье и несчастье людей зависят от звезд. Солнце, Юпитер и Венера приносят счастье; Луна, Сатурн и Марс — несчастье. Каждая планета имеет свою сферу влияния. В своей жизни человек проходит последовательно через влияние разных светил. Сперва Луна дает рост его телу, затем Меркурий формирует его ум, потом человек попадает под влияние Венеры, после чего Солнце дает ему семью, богатство и власть, Марс — храбрость и благородный образ мыслей, далее под водительством Юпитера человек подготовляется к переходу в потусторонний мир, и, наконец, вод действием Сатурна он обретает покой.
Бог мыслится как наивысшее сущее, из которого все возникает путем эманации (истечения). Душа ребенка первоначально подобна чистому листу бумаги. Сперва в ней появляется то, что дают пять внешних органов чувств, затем возникает суждение. Спецификой человека по сравнению с животными является разум, выражающийся в суждении, речи и волевом действии. Подчеркивается роль речи в познании. Признается, что вообще не может существовать понятие, которое не выражается в речи: слово есть тело мысли, которая не может существовать изолированно.
В энциклопедии «братьев чистоты» логика отнесена к математике на том основании, что, подобно тому как математика ведет человека от чувственного к умопостигаемому, точно так же и логика занимает промежуточное положение между физикой и метафизикой. В физике мы имеем дело с телами, а в метафизике — с чисто духовными сущностями. Логика же трактует как об отражениях тел в нашей душе, так и об идеях духовного мира. По своему рангу и значению она ниже математики, потому что предмет математики является не только чем-то посредствующим, но он есть также сущность всего, тогда как логика всецело ограничивается психическими формами, которые являются посредствующими между телом и духом. Логика «братьев чистоты» исходит из логических учений Порфирия и из «Категорий», «Об истолковании» и «Аналитик» Аристотеля. В ней очень мало оригинального.