Туманов, получивший доступ к архивам Ватикана, провел анализ папской переписки этого периода. Эти документы отражают три главных пункта: 1) смещение Великого Магистра фон Гомпеша; 2) вопрос о присвоении звания Великого Магистра Павлу I и 3) возможность стабилизации ситуации в Ордене.
Аргументы, выдвинутые Святым Престолом, были сгруппированы К. Тумановым к следующим пяти предложениям:
а) только Приорство имеет право смещать Великого Магистра, особенно если это базируется на обвинении в недостатке доказательств;
б) расследование такого обвинения является прерогативой Святого Престола;
в) никакое смещение Великого Магистра не имеет значения без утверждения Верховного Понтифика;
г) некатолики не могут находиться во главе Католического религиозного ордена;
д) однако, принимая во внимание обстоятельства, акты, касающиеся этого дела, хотя и не имеющие силы de jure, в некоторых случаях могут быть приняты de facto.
Мы процитируем некоторые из этих документов, располагая их согласно классификации К. Туманова (цитирование, обозначенное курсивом, дано по [14а]):
Собор св. Кассиана вблизи Флоренции, 17 октября 1798 г. Послание папы Пия VI бальи Литта, в котором утверждается: "...Российское Приорство в единственном числе декларировало свою позицию против него (Гомпеша); этого недостаточно для смещения кого бы то ни было с должности Великого Магистра. Суждения со стороны других "языков" следует обождать".
Флоренция, 20 октября 1798 г. Письмо, написанное по распоряжению папы Пия VI Монсеньером Одескальчи, действующему государственному Секретарю, Монсеньеру Литта, нунцию в Санкт-Петербурге, в котором говорится, что "видя полную деградацию Великого Магистра Мальты, что можно было заключить, и что было подготовлено языком (sic!) или Приорством Российским. Его Святейшество следовал поведению, согласно которому, имея большую проницательность, можно узнать все, что предполагается сделать, и что таким образом ничто из этого не может воплотиться в практику. На деле, соображения ортодоксальности диктовали необходимость того, чтобы мнения остальных "языков" были бы известны..."
Тем временем в Санкт-Петербурге дела в Ордене шли своим чередом. 10 декабря 1798 г. Павел I издает Указ о создании второго Великого Приорства Российского, в котором говорилось: "...признали Мы за благо установить, и чрез сие Императорскою Нашею властию установляем новое заведение Ордена святого Иоанна Иерусалимского в пользу благородного дворянства Империи Всероссийской".
По сути, этим Указом создавалось Великое Приорство Российское для православных. То, что идея эта была не нова и обсуждалась в придворных кругах в самых разнообразных вариантах еще в 1798 г., видно из письма графа Литты к Монсеньеру Одескальчи 29 декабря 1798 г. (2 января 1799 г.), в котором сообщается:
"Что касается вопроса об основании некатолического и независимого от Святого Престола Ордена. Вопрос об утверждении Российского Императора в качестве главы некатолического Ордена и учреждения независимого от католического Приорства в России в качестве части Иерусалимского Ордена, то этот вопрос можно считать решенным. Что же касается возвращения Ордена в его резиденцию на Мальте, то это возможно только при условии, что сношения будут поддерживаться только с Российским Орденом, в чьем распоряжении и будет находиться казна и который останется единственным представителем Иерусалимского Ордена".
Монсеньер Одескальчи в ответном письме к Монсеньеру Литта от 16 марта 1799 г. отреагировал на это так: "...Я устраняюсь от дискуссии относительно основания Командорств из схизматиков, учреждения, которое, быть может, станет предметом обсуждения Вашего Превосходительства, но при этом никогда утверждено не будет".
Единоличное решение Павла I о создании Приорства для православных как неотъемлемой части Суверенного Ордена не было признано и утверждено папой. Как, впрочем, и все другие решения Павла I как Великого Магистра Ордена. Известно, что сам Павел I, а после его смерти и его сын Александр I, по дипломатическим каналам оказывали давление на папу, с тем, чтобы получить признание Павла I Великим Магистром и утвердить все акты, подписанные им в этом качестве. Причем в качестве аргумента фигурировало и восстановление дипломатических отношений со Святым Престолом. Однако папа Пий VI, а позже и папа Пий VII не попались на этот шантаж. Это подтверждает и приведенный ниже Меморандум папы.
20 января 1799 г. Пий VI направил нунцию Литте особую памятную записку (Меморандум), секретную по своему содержанию. Касаясь решения рыцарей о снятии Гомпеша, папа отмечал [14a]: