Третий период его истории (IX-XIII вв.) – время распада на ряд более мелких халифатов (Багдадский, Египетский, Кордовский) и национальных государств (например, государство Саманидов в Средней Азии). Некогда могущественный Халифат постепенно превратился в небольшой Багдадский халифат. Окончательный удар по нему нанесли завоевания монголов и турок-сельджуков: в 1258 г. с падением династии Аббасидов Багдадский халифат прекратил свое существование. В ряде стран, некогда завоеванных арабами (Сирии, Палестине, Ираке, Египте, Алжире, Тунисе, Марокко, Восточном Судане), коренное население частично или целиком восприняло мусульманскую религию и арабский язык. В других странах (Пиренейского полуострова – на Западе; в Закавказье, Средней Азии; Персии – на Востоке) покоренные народы сумели сохранить не только политическую независимость, но также национальный язык и культуру.
В VII в.; когда арабы захватили Иран, Сирию и Египет, в научных центрах этих стран развивались греческая наука и греческая философия. Самыми знаменитыми в то время были Александрийская школа в Египте и христианская несторианская школа в Гундишапуре (Джунди-Шапур). на юге Ирана. Из этой школы вышел придворный врач халифа ал-Мансура (754-776) Джурджус ибн Бахтишу (см. с. 161) – основатель династии придворных врачей-христиан, которые в течение двух с половиной столетий безупречно служили при дворе багдадских халифов. Осознавая значение античной науки, халифы и другие вожди мусульман содействовали переводу на арабский язык важнейших греческих сочинений (которые к тому времени сохранились в регионе по преимуществу на сирийском языке – языке преподавания в Гундишапуре и других центрах). Начало этой деятельности было положено в конце VIII в., однако основная работа переводчиков развернулась в правление халифа ал-Мамуна (813-833), который специально для этого организовал в Багдаде «Дом мудрости» (араб, bait al-hikma). В течение IX и X вв. на арабский язык была переведена практически вся доступная литература, представлявшая интерес для арабов.
Со временем переводы на арабский стали делать непосредственно с греческого. Большинство исследователей связывают этот переход с деятельностью самого известного переводчика эпохи халифатов – христианина-несторианца Хунайна ибн Исхака (Hunain ibn Ishag, 809-873) из Хиры. Он имел глубокие познания в медицине, был придворным врачом халифа ал-Мутаваккила (847-861) и преподавал медицину в Багдаде. Хунайн иби Исхак в совершенстве владел арабским, сирийским, греческим и латинским языками, в поисках рукописей научных и философских трудов совершил путешествие по Византийской империи, после чего собрал вокруг себя группу переводчиков, в которую входил и его сын Исхак.
Среди переводов, приписываемых входили сочинения Платона и Аристотеля, Сорана и Орибасия, Руфа из Эфеса и Павла с о. Эгина. В то время на арабском языке еще не существовало оригинальных текстов на темы переводимых им сочинений, и Хунайн ибн Исхак освоил медицинскую терминологию, ввел ее в арабский язык и заложил драгоценный лексический фундамент медицинских текстов на арабском языке.
Много текстов было переведено также и с персидского языка. Через персов арабы познакомились с достижениями индийской цивилизации, в особенности в области астрономии, медицины, математики. От индийцев они заимствовали и цифры, которые европейцы назвали «арабскими».
Переводческая деятельность арабов сыграла неоценимую роль в сохранении наследия предшествовавших им цивилизаций – многие древние труды дошли до средневековой Европы только в арабских переводах. Однако до наших дней, как полагают ученые, дошло не более 1% средневековых арабских рукописей.
Развитию книжного дела в значительной степени способствовало знакомство с секретом изготовления китайской бумаги, которая оказалась гораздо дешевле египетского папируса. Ее важность оценили незамедлительно: около 800 г. везир Харун ар-Раши-да – Йахйа Бармакид построил в Багдаде первую бумажную мельницу. Через Сирию и Северную Африку производство бумаги пришло на Запад – в Испанию, а позднее и в другие европейские страны. Первые бумажные мельницы в Италии и Германии появились в XIV в.
Наивысший расцвет средневековой арабоязычной культуры приходится на VIII-XI столетия. В этот период на базе староарабской поэзии, а также «Корана» сформировался классический арабский язык средневековья. В X-XV вв. сложился знаменитый сборник сказок «Тысяча и одна ночь», в который вошли переработанные и перенесенные в арабскую культуру мифологические сюжеты и сказки многочисленных народов, населявших в то время обширные территории Халифата или торговавших с ним (персидские, индийские, греческие и многие другие).
К X столетию сложился тип средней и высшей мусульманской школы – Мадраса (медресе).