Образование в Халифате в значительной степени испытало влияние ислама. В средневековом мусульманском мире все знания делились на две области: «арабские» (или традиционные, в основе своей связанные с исламом) и «иноземные» (или древние, общие всем народам и всем религиям).
«Арабские» гуманитарные науки (грамматика, лексикография и др.) формировались в связи с изучением хадисов (предания о высказываниях и деяниях Мухаммеда) и «Корана», знание которого для мусульман чрезвычайно важно (почти все мусульмане знают наизусть хотя бы часть «Корана»).
Изучение «иноземных» наук диктовалось потребностями развивающегося общества и отражало его интересы: география была необходима для точного описания подвластных земель; история служила основой для изучения жизни Пророка; астрономия и математика уточняли священный календарь. Возрос интерес и к медицине, которая со временем стала определяться как профессия, достойная хвалы и благословенная Аллахом: согласно исламской традиции, Аллах Ее допустит болезни, пока не создаст средство ее лечения; задача врача – найти это средство.
Соответственно делению наук на арабские и иноземные, их изучение также имело две сферы: 1) допустим: изучать Откровение 2) допустим: изучать окружающий мир. Поэтом; обучающийся врачеванию в исламе наряду с теологией обязательно изучал «иноземные науки», включая логику, что позволяло ему методично англизировать причины болезней, ставить диагноз, определять прогноз и применять обоснованное лечение. В этом смысле медицина средневекового арабоязычного Востока была тесно связана с окружающим миром и науками, его изучающими.
По мере того, как основные научные рукописи переводились на арабский язык, христиане утрачивали свою монополию на медицину, а центры науки и высшего образования постепенно перемещались в Багдад, Басру, Каир, Дамаск, Кордову, Толедо, Бухару, Самарканд. В каждом большом городе создавались библиотеки с читальными залами и комнатами для научных и религиозных дискуссий, помещениями для переводчиков и переписчиков книг. Со временем они выросли в крупные центры науки и образования, такие как «Дом мудрости» в Багдаде, основанный в правление ал-Мамуна, или «Дворец мудрости» (араб. Daf al-hikma), учрежденный в Каире халифом ал-Хакимом в 1005 г. Ученые, работавшие в этих научных центрах, объединялись в «Общества просвещенных» (араб. Maglis al-culama) — прообраз научных обществ и академий наук, возникших в Европе в XVII-XVIII вв.
Библиотека г. Кордовы насчитывала более 250 тыс. томов. Крупные библиотеки были в Багдаде, Бухаре, Дамаске, Каире. Некоторые правители и богатые люди имели собственные библиотеки. Так, в библиотеке главы дамасских врачей Ибн ал-Мутрана (Ibn al-Mutran, XIII в.), лечившего халифа Салах ал-Дина, было около 10 тыс. книг. Глава багдадских врачей Ибн ал-Талмид (Ibn al-Talmld, XII в.) – автор лучшей фармакопеи своего времени – собрал более 20 тыс. томов, многие из которых были переписаны лично им. В XII в., когда в Западной Европе было лишь два университета (в Салерно и Болонье), в одной только мусульманской Испании (Кордовском: халифате) функционировало 70 библиотек и 17 высших школ, в которых среди других дисциплин преподавалась и медицина.
Арабоязычная медицина в течение восьми веков занимала ведущее место в регионе Средиземноморья. Она сохранила, дополнила и возвратила в Европу в усовершенствованном виде все важнейшие знания, накопленные в регионе к периоду раннего средневековья.
В области теории болезни арабы восприняли древнегреческие учения о четырех стихиях (араб, аг-kari) и четырех телесных соках (араб. ahlat), изложенные в «Гиппократовом сборнике» и работах Аристотеля, а затем прокомментированные в трудах Галена. Согласно представлениям арабов, каждая из стихий и жидкостей участвует (в различных пропорциях) в создании четырех качеств: тепло, холод, сухость и влажность, которые определяют мизадж (араб, mizag – темперамент) каждого человека. Он может быть нормальным, в случае сбалансированности всех составляющих, или «неуравновешенным» (различных степеней сложности). Когда равновесие нарушено, задача врача – восстановить первоначальное состояние. Мизадж не является чем-то постоянным и изменяется с возрастом я под влиянием окружающей природы.
При лечении внутренних болезней первейшее внимание уделялось установлению правильного режима и только потом применялись лекарства, простые и сложные, в приготовлении которых арабы достигли высокого совершенства.
В значительной степени это связано с развитием алхимии. Заимствовав у сирийцев идею использования алхимии в области медицины, арабы сыграли важную роль в становлении и развитии фармации и создании фармакопеи. В городах стали открываться аптеки для приготовления и продажи лекарств.
Алхимики средневекового арабо-язычного Востока изобрели водяную баню и перегонный куб, применили фильтрование, получили азотную и соляную кислоты, хлорную известь и спирт (которому дали название алко-холь). Завоевав Пиренейский полуостров, они принесли эти знания в Западную Европу.