В феврале 1911 года Амаро вступил в повстанческую армию Мадеро, в отряд Доминго Арриеты. К мадеристам присоединился и его отец, вскоре погибший в бою. Начинал Амаро рядовым, но к декабрю 1911 года получил звание лейтенанта. При Мадеро Амаро сражался с сапатистами в Морелосе, где приобрел репутацию жестокого, готового на все ради успеха офицера. Он носил серьгу - знак воина-индейца - и шел в бой с криком: «А вот и человек с серьгой, а вот и индеец!» Амаро распускал слухи, что он родом из племени яки, которые славились на всю Мексику своей доблестью и жестокостью в бою. Он физически наказывал своих подчиненных и даже прибегал к расстрелам за неповиновение. Один раз, уже, будучи министром, Амаро расстрелял своего конюха за то, что он, ослушавшись приказа, вел лошадей в конюшню под уздцы, а не верхом. Начальник мексиканской полиции генерал Крус рассказывал, что как-то пришел к военному министру не в форме и увидел, как Амаро поднимается из-за стола с хлыстом в руке. Крус схватился за пистолет и произнес: «Осторожно, генерал, это может быть опасно». После этого генералы обнялись и поклялись быть друзьями.
В боях против Уэрты Амаро дослужился до генерала. В апреле 1915 года его войска, которых называли «полосатыми», так как из-за недостатка формы они носили робы узников веракрусской тюрьмы, сыграли важную роль в победе Обрегона над дотоле непобедимой «Северной дивизией» Вильи во время второй битвы у Селайи. Годом позже Амаро опять воевал против сапатистов, а в 1917 году под командованием генерала Мургуи - против партизанских отрядов Вильи. За поддержку Обрегона в 1920 году получил высшее звание в мексиканской армии - дивизионного генерала. Позднее он участвовал в подавлении путча Пабло Гонсалеса и командовал различными военными округами. Амаро, как уже упоминалось, принял самое прямое участие в подготовке убийства Панчо Вильи, а затем помог непосредственному руководителю покушения Саласу Баррасе выйти из тюрьмы и получить повышение по службе.
Амаро имел с Вильей личные счеты. Во время раскола между Каррансой и Вильей в конце 1914 года он служил в частях генерала Гертрудиса Санчеса, которые оперировали в штате Мичоакан. Санчес сначала хотел присоединиться к Вилье и приехал вместе с Амаро на встречу с командующим «Северной дивизией». Санчес и Амаро просили у Вильи большие суммы денег и военное снаряжение. Вилья считал боеспособность частей Санчеса очень низкой (последующие события показали, что он был прав) и опасался, что предоставленное оружие в первом же бою достанется войскам Каррансы. Возник спор, и Вилья приказал расстрелять Санчеса и его заместителя Амаро, но позже отменил приказ.
В 1923 году Амаро фактически спас режим Обрегона, когда его начальник штаба Хосе Альварес узнал о подготовке военного мятежа генералов Эстрады, Гуадалупе Санчеса и Майкотте. Эстрада пригласил адъютанта Амаро к себе в номер отеля в Мехико и рассказал о готовящемся мятеже, попросив выяснить реакцию дивизионного генерала. Амаро немедленно передал информацию Обрегону, и мятежникам не удалось застать правительство врасплох. Как упоминалось выше, вместе с генералом Ласаро Карденасом (президентом Мексики в 1934-1940 годах) он нанес мятежникам генерала Эстрады решающее поражение в битве при Окотлане, хотя соотношение сил, собственно, и не предполагало иного исхода. Именно войска Амаро заняли последний крупный центр мятежа - город Гвадалахару.
Таким образом, Амаро непосредственно участвовал в двух самых кровавых сражениях времен мексиканской революции - в битве при Селайе (апрель 1915 года) и при Окотлане (февраль 1924-го). Несмотря на свою жестокость с подчиненными, он был вежлив и даже застенчив в разговоре с незнакомыми людьми. Генерал очень любил книги (у него имелось, например, полное собрание сочинений Виктора Гюго) и посвящал уходу за своей библиотекой много времени.
После избрания Кальеса новый президент сохранил Франсиско Серрано на посту военного министра, но отправил его в Европу с дипломатической миссией.
Заместителем министра и фактическим главой военного ведомства стал Амаро. Он немедленно приступил к проведению военной реформы, чтобы избавить вооруженные силы «от бациллы коррупции».
Мексиканская армия к 1926 году насчитывала 53 тысячи военнослужащих (что отнюдь не достоверный факт - речь идет о списочном составе).
При Диасе в 1911 году в Мексике было 20 тысяч солдат регулярной армии и примерно еще столько же сельской жандармерии «руралес». На миллион жителей приходилось 1333 солдата регулярной армии, в то время как, например, в Бразилии - 2250, а во Франции - 15 308. Диас активно сокращал количество высших генералов, которые были потенциальными кандидатами в диктаторы. Если в 1882 году мексиканские вооруженные силы имели 19 дивизионных генералов, то в 1910 году их осталось семь. Диктатор Уэрта довел численность армии в 1914 году до 250 тысяч человек. Однако эти данные основывались всего лишь на публикациях правительственной печати и были призваны запугать как мятежных конституционалистов, так и соседей-американцев.