Уже к концу января 1927 года все очаги мятежа, за исключением района Халиско - Мичоакан - Гуанахуато, были подавлены. Командующий федеральными войсками в Халиско генерал Хесус Ферейра самоуверенно заявил, что его части ведут не войну, а скорее охоту. Правительство стало проводить в районе очага мятежа опробованную 10 годами раньше против сапатистов политику «реконцентрации». Деревенских жителей переселяли в города под надзор гарнизонов, чтобы лишить «кристерос» продовольствия. Всех, кто находился без разрешения в затронутых выселением деревнях, расстреливали без суда.
К весне 1927 года мятеж выдохся и стал спадать. Многие мятежники сдавались в плен и говорили, что их обманули активисты лиги, обещавшие щедрое жалованье и оружие из США. Капистран Гарса нелегально приезжал в январе в Тампико, чтобы подготовить в городе восстание, - в случае захвата нефтеносного района мятежники могли бы собирать «налоги» с нефтяных компаний. Однако мексиканские органы безопасности раскрыли заговор в Тампико и Пуэбле, расстреляв всех организаторов. Положение Гарсы в США стало еще более двусмысленным - там понимали, что общенациональное восстание свелось к локальному выступлению в нескольких штатах, причем, как отмечали американские дипломаты, церковный вопрос был для многих повстанцев просто предлогом. Военный атташе США в Мексике подчеркивал в отчетах в Вашингтон, что никакой координации действий среди отрядов «кристерос» не наблюдается.
Правительство Мексики приняло решение о высылке из страны всех епископов и архиепископов, так как участие духовенства в мятеже было очевидным фактом. Мексиканский епископат обосновался в техасском городе Сан-Антонио. Отношения между лигой и епископатом обострились - надежды руководителей восстания на крупную материальную помощь клира так и не оправдались. В свою очередь, некоторые руководители партизанских отрядов стали недолюбливать и функционеров лиги, которые не только не снабжали «кристерос» деньгами и оружием, но и сами разворовывали собранные средства. Чтобы снять такого рода обвинения, лига выпустила марки достоинством в 5, 25 и 30 сентаво, выдававшиеся в обмен на деньги.296
При взносе в 100 песо спонсору вручалась именная расписка, которую он после победы мятежа мог предъявить в казначейство, чтобы получить деньги обратно. Но тех, кто верил в победу «кристерос», было очень мало.К лету 1927 года финансовое положение Лиги защиты религиозных свобод стало отчаянным, и ее руководство снова обратилось к епископату с просьбой использовать активы церкви в США для залога при получении займов в финансовых кругах Америки. Но епископат на своем заседании в эмиграции 15 голосами против 2 отверг это предложение. В послании руководству лиги разъяснялись мотивы такого решения: «Лига рассчитывала на одновременное восстание широких народных масс под лозунгом « Да здравствует Христос!», что действительно произошло лишь в нескольких штатах центральной части республики, но, к несчастью, на большей части территории страны этого не случилось. Лига рассчитывала также, что богатые мексиканцы помогут делу солидными суммами... Однако и эта надежда Лиги полностью провалилась». Епископат прямо обвинил Капистрана Гарсу в обмане: никаких обещанных средств тот в Америке так и не собрал.
С тех пор епископат всячески старался откреститься от контактов с лигой, чтобы нащупать путь для компромисса с правительством. У епископата и мятежников, казалось, появилась надежда на успех - в правительственном лагере возник серьезный разлад.
Уже в 1926 году началась борьба за президентское кресло. При отсутствии в Мексике реальной политической системы постоянно функционирующих
общенациональных партий с самого начала предполагалось, что кандидатом правительства станет генерал.
Несмотря на формально очень демократическую Конституцию и наличие всех атрибутов представительной демократии (выборы, партии, более или менее свободная пресса), в Мексике 20-х годов была настоящей военной диктатурой. Первый послереволюционный президент Карранса избирался в 1917 году в условиях военного разгрома всех своих оппонентов и действия практически на всей территории страны военного положения. Обрегон пришел к власти в 1920 году в результате настоящего военного мятежа. Кальес стал президентом в 1924 году после военного разгрома своего основного конкурента де ла Уэрты. И Обрегон, и Кальес носили титул генерала гораздо охотнее, чем президента. В Мексике уже как-то само собой подразумевалось, что президентом может быть только генерал. Гражданские политики должны были лишь писать для генералов умные законы и речи и никакого веса в принятии основных решений не имели. Об этом свидетельствует и судьба политических партий Мексики: как только они попадали в немилость к президенту-генералу, то очень быстро сходили с политической сцены.