Потом скважины были пробурены на Кубани в 1864 году, и в 1866 году одна из них дала нефтяной фонтан с дебитом более 190 т в сутки. Во второй половине XIX века нефтяные месторождения стали находить и в других частях страны.
В селе Ерино близ Подольска в 1859 году горный инженер Г. Д. Романовский впервые применил в бурении паровую машину. На окраине села Киевское в долине реки Кудако, в 42 километрах от Анапы, в конце августа 1864 году отставной уланский полковник А. Н. Новосильцев начал бурить первую в России нефтяную скважину. В 1866 году из скважины с глубины 55 м ударил фонтан нефти с первоначальным дебитом 12 тыс. пудов в сутки. Успех А. Н. Новосильцева побудил нефтепромышленников отказаться от сооружения нефтяных колодцев и перейти на разработку нефтяных месторождений методом бурения. В 1865 году начал бурить нефтяную скважину в Татарии на реке Шешлю бугульминский помещик Н. Малокиенко. В 1868 году промышленник М. К. Сидоров заложил на Ухте первую нефтяную скважину. В 1870 году действовали четыре скважины в Грузии.
Работы Д. И. Менделеева, который предлагал «обратить особое внимание на необходимость переработки бакинской нефти не только на керосин, но и на смазочные масла», сыграли в то время большую роль в исследовании нефти и технологии её переработки.
После прямой перегонки нефти выход керосина составлял чуть более 30 %, а оставшиеся «нефтяные отбросы» попросту сливались в море или сжигались. С этим не мог смириться талантливый изобретатель и предприниматель Виктор Рагозин. В начале 1870-х годов он начал опыты по разложению нефтяных остатков. Добившись успеха в дробной перегонке мазута под перегретым паром в лабораторных условиях, весной 1874 года Виктор Рагозин обратился с письмом к министру финансов Российской империи Михаилу Рейтерну, обосновав необходимость проведения опытов по получению смазочных масел в заводских условиях. Дело дошло до императора Александра II, и 6 ноября 1874 года появилось «Высочайшее повеление о производстве опытов на вновь устраиваемых фотогеновых заводах».
В 1875 году в Нижнем Новгороде Виктор Рагозин построил опытный завод, где окончательно отработал технологию получения смазочных масел (названных им «олеонафты») из мазута с помощью перегретого пара. Эту технологию он применил на масляном заводе в Балахне под Нижним Новгородом. Новые смазочные материалы из Балахны быстро получили широкое признание у российского потребителя, а весной 1878 года их ждал невероятный успех на Всемирной выставке в Париже.
Весной 1879 года началось строительство нового завода вблизи села Константиново в Ярославской губернии. Он был рассчитан на ежегодную переработку 20 тысяч тонн нефтяных остатков – мазута и бензина. Его продукция отличалась высоким качеством, вывозилась за границу и успешно вытесняла с рынков стран Европы американские нефтепродукты. «Русские масла» в те времена слыли лучшими в мире.
В 1881 году там же было создано высокопроизводительное пиролизное производство. К началу 80-х годов XIX века в России насчитывалось уже 19 заводов, перерабатывающих бакинский мазут в смазочные масла.
Аппарат для непрерывной перегонки нефти в 1873 году разработал бакинский нефтепромышленник А. А. Тавризов, а десять лет спустя непрерывная перегонка нефти была осуществлена в Баку на заводе братьев Нобель.
Тавризов назвал своё изобретение «дистилляционный и ректификационный аппарат». Однако он, по существу прототип нефтеперегонной колонны тарельчатого типа, не был оценён современниками. Более успешную попытку в создании куба непрерывного действия предпринял в 1882–1883 годах Дмитрий Менделеев на Кусковском заводе «Товарищества Русско-американского нефтяного производства» под Москвой. Именно этот аппарат стал основой для дальнейшего развития непрерывного процесса нефтепереработки.
Долгое время проблемой оставалось сжигание нефтяных остатков. Например, в Баку для промышленных топок использовались брикеты из сухого навоза, пропитанного нефтяными остатками или густой нефтью.
В 1866 году русский инженер А. Шпаковский изобрёл «пульверизатор», при помощи которого жидкое топливо распылялось воздухом. Эта идея нашла широкое распространение как в России, так и за границей. Впоследствии вместо воздуха стали применять водяной пар, и появилось множество известных и сейчас форсунок для сжигания жидкого топлива как в стационарных установках, так и на пароходах и паровозах. Тяжёлые остатки нефти, такие как мазут, стали очень важным продуктом переработки нефти, и спрос на них резко увеличился.