Бухарская династия Аштарханидов, сменившая в конце XVI в. Шейбанидов, тут же обзавелась собственной историографией. Из источников аштарханидского круга привлекает внимание книга «Бахр ал-асрар фи манакиб ал-ахйар» (Море тайн относительно доблестей благородных) путешественника и писателя Махмуда б. Эмир-Вали (ум. в середине XVII в.), созданная в 1634–1640 гг. по поручению одного из ханов. Во многом следуя шейбанидским хроникам, автор рассказывает об участии мангытов в усобицах после смерти Абу-л-Хайра и раскрывает роль в этих коллизиях бия Мусы б. Ваккаса (перевод фрагментов см.: Бартольд 1964в, с. 390–399; Махмуд ибн Вали 1969).
В разное время в разных областях Средней Азии жили и творили историки, не принадлежавшие ни к одной из названных выше школ. Одним из таковых был Сайф ад-Дин Шах-Аббас Ахсикенти, живший в первой половине XVI в. в Фергане. Перу его и его сына Нур (Науруз) — Мухаммеда принадлежит тюркоязычное жизнеописание ферганских шейхов «Маджму ат-таварих» (Собрание историй). Оно включает много легендарных сюжетов, поэтому пользоваться этим сочинением следует с предельной осторожностью. Подобной баснословностью страдают сведения Ахсикенти о коалиции ордынского хана Фулада, мирз Ямгурчи и Кейкобада против богатыря Манаса (эти лица жили в разное время, а Манас, очевидно, вообще не исторический персонаж). Тем не менее источник интересен упоминанием некоторых деталей, в том числе таинственного Кейкобада — сына Эдиге, послужившего позднее эпонимом титула военачальника левого крыла в Ногайской Орде. Факсимиле «Маджму ат-таварих» опубликовано А.Т. Тагирджановым (Ахсикенти 1960).
Средневековая историография татарских ханств Поволжья и Сибири почти не сохранилась. К ней может быть отнесено лишь несколько произведений, наиболее значительное из которых — «Джами ат-таварих» (Сборник летописей) Кадыр Али-бека б. Хошум-бека Джалаира. Сначала он состоял на службе у сибирского хана Кучума, затем был взят в плен русскими и в конце концов обосновался в Касимовском царстве. При дворе касимовского хана Ураз-Мухаммеда в 1602 г. Кадыр Али-бек и написал свою книгу. «Джами ат-таварих» состоит из сокращенного пересказа одноименного труда Рашид ад-Дина и оригинальной части, включающей несколько глав («дастанов»). Хроника ценна тем, что доносит местную, татарско-ногайскую версию относительно недавних событий в Дешт-и Кипчаке XV–XVI вв. В частности, автор приводит хронологию правлений ногайских биев до Исмаила; описывает отношения Эдиге, его сына Мансура и внука Ваккаса с ханами; передает обстоятельства гибели Эдиге. Сочинение подробно изучено и проанализировано М.А. Усмановым (Усманов М. 1972). Татарский текст издан И.Н. Березиным (Кадыр Али-бек 1854).
Из-под пера татарского анонима вышла недатированная рукопись «Хасса айн» (Источник знатных лиц), обнаруженная Н.Ф. Катановым в Тобольском губернском музее (Катанов 1903). Там говорится, помимо прочего, о проживании ногаев в XV в. на Иртыше и об обращении их в ислам.
На другом краю Дешт-и Кипчака располагался Крымский юрт. Его правители-Гиреи имели сложные, часто враждебные отношения с Ногайской Ордой. Формально она не граничила с их государством, но порой вступала в военные конфликты или же, напротив, пыталась наладить сотрудничество. Писатели, работавшие в Бахчисарае, конечно, обращали внимание на восточных кочевников, но, как правило, только в связи с историей своей страны. Исторических сочинений, созданных в Крымском ханстве, известно не много. Важнейшее из них — «Тарих-и Сахиб-Гирей-хан» (История Сахиб-Гирей-хана). Оно составлено в 1550-х годах придворным историком этого монарха Мухаммедом Нидаи Кайсуни-заде по прозвищу Реммал-Ходжа. К ногаям имеет касательство описание борьбы мангытского Баки-бека с Гиреями, статуса и расселения мангытов в крымских владениях в первой половине XVI в., разгрома Сахиб-Гиреем ногайской конницы у Перекопа. В нашей работе использована публикация О. Гёкбильгина, содержащая текст на тюркском языке и французский перевод (Tarih 1973).
В середине XVII в. Абдулла Челеби Ризван Паша-заде написал «Таварих-и Дешт-и Кипчак» (Летописи Дешт-и Кипчака), представляющие собой краткую хронику правления крымских ханов до 1637 г. Для истории Ногайской Орды здесь интересны упоминания о войне Мухаммед-Гирея I с нею 1523 г., о ногаях на Северном Кавказе в 1630-х годах. «Таварих-и Дешт-и Кипчак» изучались А. Зайончковским и были изданы им в Варшаве с французским переводом (Зайончковский 1969; Zajączkowsky 1966).
Приблизительно в середине XVIII в. крымский историк Саид-Мухаммед Риза создал «Ас-саб ас-сийар фи ахбар-и мулук-и татар» (Семь планет в известиях о татарских царях) — описание царствования семи ханов с 1445 по 1745 г. Здесь также рассказывается о проблемах, которые более всего волновали знать полуострова в связи с ногаями (расселение и статус мангытов в Юрте, события 1523 г., убийство хана Ислам-Гирея I Баки-беком, политика Сахиб-Гирея по седентаризации кочевников, пришедших в его владения из-за Волги) (Риза 1832; Précis 1833).