20 июня "царь Дмитрий" торжественно вступил в Москву. Ликующий народ кричал: "Дай господи, государь, тебе здоровья!" – колокольный звон и приветственные крики катились за царской каретой подобно волне. После коронации Дмитрий раздал много денег народу и уплатил богатое жалованье "служилым людям" – казакам, стрельцам и польским наемникам. Недовольны были только бояре: глава Думы князь Шуйский считал себя законным наследником престола и не хотел мириться с "царем Дмитрием". "Черт это, а не царевич!" – говорил Шуйский своим друзьям – но "друзья" донесли; Шуйский был схвачен и осужден на казнь – однако бояре обступили царя и заставили его помиловать князя. "Дмитрий" чувствовал, что у него нет сил, чтобы править самовластно: "Два способа у меня к удержанию царства, – говорил он, – один способ – быть тираном, а другой – не жалеть казны, всех жаловать; лучше тот образец, чтобы жаловать, а не тиранить".
Царь старался понравиться всем: он не решал дел без совета с боярами и раздавал поместья дворянам. «Дмитрий» запросто ходил по Москве, разговаривал с лавочниками и дважды в неделю лично принимал челобитные. В феврале 1606 года было запрещено возвращать силой крестьян, бежавших от помещиков в годы голода, и был подготовлен новый судебник, в котором восстанавливалось право выхода, – казалось, что народ добился своего, посадив на трон "доброго царя". Однако Шуйские не унимались: для бояр, гордившихся своей родовитостью, было невыносимо видеть на троне "голодранца Гришку Отрепьева". Простой народ был уверен, что "Дмитрий" – сын Грозного, но бояре хорошо знали правду: именно Шуйский в свое время расследовал дело об убийстве царевича Дмитрия, и было много других свидетелей, признавших в новом царе бывшего монаха.
Постепенно составился боярский заговор, к царю дважды подсылали убийц, со всех сторон приходили доносы. Дмитрию постоянно приходилось опасаться яда или кинжала в спину. В начале мая царь справил свадьбу со своей возлюбленной Мариной Мнишек – и воспользовался случаем, чтобы под видом приглашенных зазвать в Москву польских наемников для своей охраны. Польские гусары хорошо отпраздновали свадьбу: пили без меры, гонялись по улицам за женщинами и дрались с москвичами. Бояре решили воспользоваться этими стычками, чтобы сделать свое дело: они вовлекли в заговор двести дворян из новгородского полка (новгородцы никогда не любили московских царей) и на рассвете 17 мая ворвались в Кремль. Поляки попытались было помочь царю – но мятежники кричали, что это они, поляки, хотят убить государя! Простой народ, вооружившись чем попало, избивал поляков на улицах, а в это время мятежники пробивались по дворцовым коридорам к царским покоям. Преследуемый врагами, "Дмитрий" выпрыгнул из окна и сломал ногу; его окружили, сорвали одежду и принялись избивать. Царя рубили саблями и стреляли в него, хотя он уже не подавал признаков жизни – потом привязали к лошади и потащили окровавленный труп к терему матери царевича Дмитрия Марфы. Жена Грозного объявила собравшейся толпе москвичей, что это не ее сын, это – самозванец, которого покарал бог. Потрясенная толпа разошлась, люди не знали, чему верить: еще недавно Марфа признавала "Дмитрия" своим сыном. Мятежники бросили нагое тело царя в грязь посреди рынка, и оно лежало там несколько дней; дворяне хлестали труп плетьми, а народ молча стоял вокруг; многие плакали.
В это время бояре делили власть; в Думе "был мятеж во многих боярах", "захотели на царство многие". 19 мая часть бояр вывела на Красную площадь князя Василия Шуйского и среди толпы "выкликнула" его на царство. Народ заставили присягать "царю Василию" – но многие не хотели, через несколько дней появились "подметные письма", в которых говорилось, что "добрый царь Дмитрий жив", что бояре убили его двойника. 25 мая на Красной площади собралась огромная толпа, требовавшая, чтобы бояре вышли к народу – но Шуйский заперся в Кремле, и москвичи, не зная, что делать, разошлись.
Между тем, южные окраины отказались признать власть Шуйского: здесь тоже говорили, что Дмитрий жив. Действительно, из Польши приходили люди, утверждавшие, что видели царя, что он бежал и скрывается от недругов у своих польских друзей. Позднее выяснилось, что один из товарищей погибшего самозванца, Михаил Молчанов, бежал из Москвы с царской печатью; он выдавал себя за "чудесно спасшегося царя Дмитрия" и составлял грамоты, скрепленные печатью государя. Однако Молчанов боялся показаться на Руси, где "Дмитрия" видели очень многие, – поэтому он послал на Русь своего "большого воеводу" Ивана Болотникова, дав ему грамоту с царской печатью.