Чтобы приступить к завоеванию Кипра, туркам нужно было раздобыть значительную сумму денег, часть которой они получили, распродав монастыри и церкви, принадлежавшие православной церкви в европейских провинциях империи. Православное христианство сыграло достойную роль в прошлом, став бастионом на пути латинян, олицетворением которых прежде были Венеция и папство, а потом католики Габсбурги. Поэтому функционирование православной церкви в пределах Османской империи в целом осуществлялось беспрепятственно. Пока этот институт действовал в рамках предписанных ему взаимоотношений с государством, у него не было причин жаловаться. Когда в 1568 году султан Селим II произвел конфискацию церковных земель, он не ставил себе целью уничтожение Церкви. Конфискация была лишь продолжением постоянных усилий шейх-уль-ислама Абуссууда (который до самой своей смерти в 1574 году верой и правдой служил Селиму, как прежде служил Сулейману), направленных на то, чтобы сделать более рациональной систему землепользования в османских владениях. Конфискованные церкви и монастыри можно было выкупить с выгодой для казны. Но результаты конфискаций не были одинаковыми: более богатые монастыри уцелели, а бедные были проданы новым владельцам, которым назначенная цена оказалась по карману.
Таким образом османская казна обогатилась, Лала Мустафа-паша был назначен главнокомандующим сухопутными войсками на Кипре, а командование флотом поручили главному адмиралу Мухсинзаде («Сын муэдзина») Али-паше, который, по словам одного современного историка, «никогда в своей жизни не управлял даже каиком». Ему повезло, что рядом с ним оказался Пиале-паша, который до этого четырнадцать лет прослужил в должности главного адмирала. Хотя европейские державы уже в течение некоторого времени были осведомлены о том, что турки готовят к походу хорошо оснащенную и многочисленную эскадру, они не знали, куда именно она отправится. Судя по слухам, эскадра должна была взять курс на Кипр, и в 1568–1569 годах в Венеции явно испытывали предчувствие беды. Было признано, что администрация острова погрязла в коррупции и не сможет противостоять нападению турок. К этому времени слухи подтвердились, и было предприняты меры по укреплению обороны острова и улучшению его снабжения. В марте 1570 года в Венецию прибыл посланник султана с ультиматумом:
Кипр надлежит сдать, в противном случае турки предпримут нападение. К сентябрю они заняли расположенный в глубине острова город Никосия.
Венеция не смогла найти союзников, которые помогли бы ей защитить Кипр. В 1568 году в Венгрии австрийские Габсбурги и Османская империя заключили мирный договор. Испанские Габсбурги не видели стратегической ценности в этом острове и у них не было обязательств перед Венецией, поскольку в 1565 году, когда турки напали на Мальту, она не оказала им никакой поддержки. В прошлом Венеция всегда предпочитала поддерживать добрые отношения с турками, а не вступать в направленные против них союзы. Однако на этот раз интенсивные усилия, в особенности предпринятые папой римским, привели к тому, что в мае 1571 года было заключено соглашение между Венецией, папой и Испанией, условием которого было то, что Венеция будет оказывать помощь Испании в Северной Африке.
В сентябре 1571 года эскадра под командованием дона Хуана Австрийского, являвшегося незаконным сыном бывшего императора Священной Римской империи Карла V и единокровным братом Филипа II Испанского, вышла в море из Мессины и взяла курс на восток. Когда она подошла к одному из Ионических островов, острову Кефалония, выяснилось, что 1 августа, после одиннадцати месяцев осады, турки заняли последний оплот венецианцев на Кипре, крепость Маджоса (Фамагуста). Теперь христианским союзникам надо было не защищать, а освобождать Кипр. Но в заливе Патрас, расположенном перед входом в Коринфский залив, эскадра дона Хуана обнаружила османскую эскадру, которая все лето занималась рейдерством и даже захватила венецианские острова и владения на Адриатическом побережье. Дон Хуан решил воспользоваться удобным случаем, и 7 октября две эскадры вступили в бой неподалеку от Нафпактоса.