Селим построил свой храмовый комплекс в Эдирне, но он также оставил неизгладимый след в архитектурном облике и силуэте Стамбула. В 1572 году он приступил к первому капитальному ремонту Айя Софии, предпринятому после того, как Мехмед II перестроил этот христианский храм в мечеть. Поскольку спустя столетие после завоевания Константинополя это здание уже окружали жилые дома и прочие строения, Селим приказал все снести. Последующая инспекция выявила, что контрфорсы уже обваливаются и зданию нужен срочный ремонт. Историк Мустафа-эфенди из Салоник отмечал, что здание обрушивалось. Селим осмотрел мечеть вместе с Синаном и распорядился произвести обширную реконструкцию. Один из двух минаретов, добавленных завоевателями, был деревянным, и его пришлось построить заново из кирпичей. Были добавлены еще два минарета. Султан открыто порицал тех, кто считал эти работы ненужными на том основании, что здание построили немусульмане.
На прилегавшей к Айя Софии территории Селим распорядился построить два духовных училища, а также собственный мавзолей.
Он умер еще до завершения строительства мавзолея и был погребен под установленным над местом строительства навесом в форме шатра. Он стал первым султаном, который скончался в Стамбуле. Духовные училища так и не были построены, а строительство минаретов и мавзолея пришлось завершать его старшему сыну и преемнику Мураду III. Нет ничего удивительного в том, что Селим выбрал местом своего погребения территорию, прилегавшую к Айя Софии. Его едва ли можно было похоронить где-либо кроме имперской столицы, и уж тем более в мечети, построенной одним из его предшественников. Айя Софию почитали потому, что она была связана с именем Мехмеда II Завоевателя. Решение Селима осуществить ремонт Айя Софии не было непосредственно связано с его планами относительно собственного погребения, но и не являлось совершенно случайным. Селим обратил свое внимание на этот бывший христианский храм вскоре после завоевания Кипра. Тогда он укреплял в мусульманах стремление к лидерству, продемонстрированное его победой над христианскими державами, и противостоял любым намекам на то, что Османскую империю могло ослабить поражение при Лепанто. Ко времени смерти Селима стало ясно, что победа христиан при Лепанто по сути была пирровой победой.
Помимо этого, султан Селим продолжил начатое его предшественниками участие в делах Мекки, и благодаря проведенным по его распоряжению ремонтным работам Большая мечеть приобрела характерный для османской архитектуры внешний вид, который она имеет и поныне. По причине того, что в Мекке не хватало места для строительства таких грандиозных мечетей, как в Стамбуле, галереи, окружавшие внутренний двор, были перестроены в османском стиле, а на их прежде плоских крышах появились купола. Эти работы продолжались и в годы правления Мурада III, производя впечатление на паломников, которые прибывали со всего света и видели могущество и необыкновенную щедрость новых защитников мусульманских святынь.
Смерть Селима была неожиданной, и процессом передачи власти новому султану снова руководил Соколлу Мехмед-паша, который тайно отправился в Манису, чтобы сообщить принцу Мураду о смерти его отца. Требование гарантировать династическую преемственность снова стало причиной отсрочки, необходимой для того, чтобы новый султан смог предъявить свои права на трон. Между тем тело Селима, которое пытались сохранить с помощью льда, находилось во дворце. Очередным нарушением традиций стало то, что погребальная молитва была совершена не в какой-либо открытой для общего доступа мечети, а в пределах дворца Топкапы. Эта глубоко личная церемония отражала отдаленность султана от своих подданных, которая еще при его жизни все более и более увеличивалась. Традиционную молитву на похоронах Селима произнес именно шейх-уль-ислам, что указывало на более заметную и официальную роль, которая была отведена этому должностному лицу еще при Сулеймане, и стало прецедентом для будущих султанов.
Так получилось, что старший сын Селима (которому тогда было лет двадцать) оказался и старшим представителем мужского пола династии. Мураду III явно было предопределено следовать по стопам своего отца. Впрочем, чтобы исключить всякую возможность того, что кто-либо оспорит его право на престолонаследие, он принял меры предосторожности и сразу после восхождения на трон приказал казнить своих младших братьев. Их похоронили рядом с их отцом, Селимом. Вот как «третий медик» Мурада, еврей Доменико Хиеросолимитано описывает те сомнения, которые вызывали у его хозяина предстоящие убийства: