Увеличение численности и значимости гарема, а также усиление власти и влияния валиде-султан расширило сферу ответственности стража гарема, которым являлся самый старший среди черных евнухов, который осуществлял надзор за жившими там женщинами.[25]
Вскоре после вступления на престол султан Мурад ввел должность главного черного евнуха (а если она уже существовала, то он несомненно расширил круг возложенных на него обязанностей) и поручил занимавшему этот пост осуществлять надзор за пожертвованиями на содержание священных для мусульман мест, что прежде входило в сферу ответственности главного белого евнуха дворца, надзиравшего за пажами, выполнявшими функции, схожие с теми, которые выполняли обитательницы гарема. Огромные пожертвования прежних султанов, Мехмеда II, Баязида И, Селима I и Сулеймана I, вскоре также оказались под присмотром главного черного евнуха, и он стал еженедельно отчитываться о положении дел в этой области. Под его контролем находились значительные финансовые потоки, и он пользовался той властью, которую ему это давало. Великий визирь и другие министры правительства проиграли от перераспределения власти, которое произошло в результате усиления роли гарема и его главного стража. В своем отчете о правлении Мурада III интеллектуал и бюрократ Мустафа Али из Гелиболу указывал на опасное воздействие развивавшихся тогда тенденций, отмечая, что из-за близости к султану евнухи и наложницы гарема получили возможность вмешиваться в политический процесс, а значит и оказывать влияние на назначения на должности. Они даже стали продавать назначения на должности. Но это не пугало султана, который несомненно был удовлетворен первыми плодами введенного им плана расширения властных полномочий дворца. Мустафа-эфенди из Салоник сообщает нам о том, что вскоре после того, как в 1579 году был убит Соколлу Мехмед-паша (который по крайней мере до правления Мурада III являлся олицетворением всемогущего великого визиря), султан даже подумывал о том, чтобы вообще обойтись без этого поста.Наряду с миром гарема, в котором Мурад III проводил гораздо больше времени, чем его предшественники, существовал и мир его фаворитов. Среди них были люди, которые находились рядом с ним еще со времен его пребывания в Манисе: его воспитатель Хока Садеддин-эфенди, его главный бухгалтер Кара («Черный») Ювейс Челеби и его духовный наставник, член секты Халвети, шейх Шука. Отец Хока Садеддина был наперсником Селима I, а сам он являлся помощником шейх-уль-ислама Абуссууда, находившегося на этом посту при Сулеймане и при Селиме. Сегодня он известен как автор Османской истории, которую он посвятил Мураду. В свое время его сын, Эсад-эфенди, стал шейх-уль-исламом, сохранив за своим семейством место в самом верхнем эшелоне государственного аппарата. Вскоре после вступления Мурада на престол, Соколлу Мехмед перешел в оппозицию к этому кругу приближенных, обвинив Кара Ювейса в финансовых нарушениях. Задуманная Соколлу Мехмедом интрига привела к обратному результату, и всем стало понятно, что он лишился своего авторитета: под контроль Кара Ювейсу было передано управление финансами империи и он получил место в правящем совете, тогда как протеже Соколлу Мехмеда были сняты со своих должностей, а их имущество конфисковано. Самым болезненным ударом стало то, что его кузена, Соколлу Мустафа-пашу, оказавшегося весьма способным губернатором Буды, казнили, а на его место назначили Кара Ювейса. И хотя Кара Ювейс не был доволен назначением на этот пост, находившийся вдали от центра власти, ничего другого ему не оставалось. Позднее он был назначен губернатором Египта, и во время его пребывания на этом посту в провинции вспыхнул мятеж, вызванный введенным им жестким контролем за финансированием армии. Мятежники ворвались в зал заседаний совета и разграбили его личные покои. Он сам подвергся нападению, во время которого были убиты члены его свиты.
Шейх Шука, который был безграмотным человеком, поощрял интерес Мурада к мистицизму. Султан доверял шейху толковать свои сны и предсказывать судьбу. В этом не было ничего необычного, так как рука об руку с насаждением официально принятого ортодоксального суннизма шли энергичные поиски эзотерических знаний, а Халвети стала самой «правоверной» сектой дервишей, поскольку получила широкое признание в правящих кругах Османской империи. На самом деле, Соколлу Мехмед-паша дал пристанище собственному духовному наставнику из этой секты, прикрепив его к храмовому комплексу, который он построил в честь своей супруги, Эсмахан, в стамбульском квартале Кадирга.