Но султан Мурат оказался настолько сострадательным, что не смог видеть кровопролитие, и прождал восемнадцать часов, в течение которых он отказывался садиться на имперский трон или сделать общеизвестным свое прибытие в город, а в первую очередь пытался найти способ избежать кровопролития своих девяти братьев, которые находились в Сераглио… Чтобы не нарушать закон Османского государства… он, со слезами на глазах, послал немых, поручив им задушить братьев, и собственными руками передал их старшему девять платков.
Преемником Мурада стал его старший сын Мехмед, которому к моменту восхождения на престол его отца было лет девять. Вступив на трон в 1595 году, Мехмед III приказал казнить своих братьев, старший из которых был более чем на двадцать лет младшего него. Множество маленьких саркофагов с останками братьев Мурада и Мехмеда были наглядными свидетельствами, что убийство являлось той ценой, оплатив которую удавалось избежать междоусобиц, так часто сопровождавших вступление на престол нового султана. Общество было глубоко потрясено этими убийствами. Единственным утешением является то, что последующие поколения оказались не столь многодетными, и уже никогда такое множество юных принцев не умирало, чтобы гарантировать спокойное восхождение своего брата на трон.
На протяжении восьми лет правления Селима II должность великого визиря занимал Соколлу Мехмед-паша, который и при Мураде III оставался на своем посту вплоть до 1579 года, когда он был убит одним рассерженным просителем в зале заседаний имперского совета. После его смерти должность стала менее престижной: на протяжении 21 года правления Мурада III этот пост занимали семь человек, и по мере того как они добивались расположения и впадали в немилость, эта должность одиннадцать раз переходила от одного к другому. Великий визирь стал игрушкой в руках султана, заменявшего его всякий раз, когда выяснялось, что он не в состоянии выполнить требования своего владыки. Ни Мурад III, ни его сын Мехмед III не утруждали себя личным участием в управлении империей, но это не означало, что они больше не принимали решений. Напротив, полномочия принимать самостоятельные решения, которыми прежде обладал великий визирь, теперь были ограничены, причем это касалось даже решения вполне заурядных административных вопросов. Прямой контакт между султаном и великим визирем стал менее обычным явлением и был заменен перепиской, в которой султан указывал свои решения, принятые по целому ряду государственных дел (назначениям на должности, размерам жалований, организации бюрократического аппарата), и эти решения принимались на основе краткого изложения вопросов, представленных ему в форме прошений.
Еще больше, чем Селим II, Мурад III и Мехмед III предпочитали проводить время в своих личных покоях, а не в зале заседаний совета, где обсуждались государственные дела, но в своих собственных апартаментах они были более восприимчивы к влиянию фаворитов, на которых бюрократический аппарат управления государством не оказывал почти никакого воздействия. Несмотря на ограничения, навязанные ему дворцовыми функционерами и фаворитами, Соколлу Мехмед-паша сумел править империей в условиях самых грубых нарушений законности, допускаемых фракциями, которые процветали в тот период слабой султанской власти. Ему удалось поставить на многие важные посты своих протеже и членов собственной семьи. После его смерти соперничество между теми, кто находился в ближайшем окружении султана, только усилилось.